Liu, K., and Sun, Q.(2021). Intragenic tRNA-promoted R-loops orchestrate transcription interference for plant oxidative stress responses. Plant Cell33:3574-3591. Shafiq, S., Chen, C., Yang, J., Cheng, L., Ma,...
reviewing recent research advances on R-loops in plants.Furthermore,we provide perspectives on future research directions for R-loop biology in plants,which might lead to a more comprehensive understanding of R-loop functions in plant genome regulation and contribute to future agricultural improvements....
本研究是孙前文实验室继报导R-loop调节长非编码RNA表达并影响拟南芥开花(Science, 2013)和R-loop调控水稻根的向地性(Molecular Plant, 2017)之后的又一重要成果。ssDRIP-seq这种精准、高效、高通量R-loop检测技术的建立为随后的功能研究提供了重要手段,将成为全基因组R-loop分析的标准,并全面打开全基因组水平分析R-...
本研究是孙前文实验室继报导R-loop调节长非编码RNA表达并影响拟南芥开花(Science, 2013)和R-loop调控水稻根的向地性(Molecular Plant, 2017)之后的又一重要成果。ssDRIP-seq这种精准、高效、高通量R-loop检测技术的建立为随后的功能研究提供了重要手段,将成为全基因组R-loop分析的标准,并全面打开全基因组水平分析R-...
孙前文实验室进一步绘制了拟南芥在不同发育时期以及各种胁迫响应下的R-loop图谱,并揭示了拟南芥R-loop特有的动态变化特征。 2020年2月19日,清华-北大生命中心孙前文实验室在《植物细胞(The Plant Cell)》发表题为“拟南芥不同发育时期和胁迫响应下的R-loop图谱”(The R-loop atlas of Arabidopsis development and res...
孙前文实验室前期已经鉴定了一个RNase H1类的R-loop移除酶AtRNH1C可以与DNA Gyrase互作降解R-loop中的RNA,从而有效地松弛HO-TRCs以稳定叶绿体基因组(Yang etal., The Plant Cell, 2017)。 但是,目前尚不清楚当RNase H蛋白缺乏时,生物体...
孙前文实验室前期已经鉴定了一个RNase H1类的R-loop移除酶AtRNH1C可以与DNA Gyrase互作降解R-loop中的RNA,从而有效地松弛HO-TRCs以稳定叶绿体基因组(Yang etal., The Plant Cell, 2017)。 但是,目前尚不清楚当RNase H蛋白缺乏时,生物体如何抵抗HO-TRCs诱发的R-loop积累。
接着前五篇有关R-loop CUT&Tag的系列文章,包括R-loop概览、R-loop与表观遗传、R-loop与转录终止、R-loop CUT&Tag 系列文章之四-R-loop CUT&Tag技术原理和技术对比和R-loop CUT&Tag系列文章之五:上海嘉因实操R-loop CUT&Tag数据大解密,本篇文章将介绍R-loop与基因组稳定性的关联性。
Intragenic tRNA-promoted R-loops orchestrate transcription interference for plant oxidative stress responses[J]. Plant Cell, 2021, 33(11): 3574-3591. [11]Xu W, Li K, Li Q, et al. Quantitative, convenient, and efficient genome-wide R-loop profiling by ssDRIP-seq in multiple organisms[J]...
清华大学生命科学学院、清华-北大生命科学联合中心孙前文实验室前期工作在拟南芥中鉴定到三个RNase H1类的R-loop移除酶AtRNH1A、AtRNH1B和AtRNH1C (The Plant Cell 2017) ,并详细解析了叶绿体定位的AtRNH1C在维持质体基因组稳定性过程中发挥的重要功能 (The Plant Cell 2017; Cell Reports 2020; Nucleic Acids Res...