同时RIAN-seq发现的R-loops新特征也将拓宽R-loop的研究维度,为R-loop功能解析提供了全新视角。该研究获得了审稿人的高度评价,其中一位审稿人如此点评:“The work was really exciting and I think it should become a new standard...
②Sanz LA, Chédin F. High-resolution, strand-specific R-loop mapping via S9.6-based DNA-RNA immunoprecipitation and high-throughput sequencing. Nat Protoc. 2019 Jun;14(6):1734-1755. pii: 10.1038/s41596-019-0159-1. doi: 10.1038/s41596-019-0159-1. 相关阅读 ▶▶▶ 1.项目文章 | ...
②Sanz LA, Chédin F. High-resolution, strand-specific R-loop mapping via S9.6-based DNA-RNA immunoprecipitation and high-throughput sequencing. Nat Protoc. 2019 Jun;14(6):1734-1755. pii: 10.1038/s41596-019-0159-1. doi: 10.1038/s41596-019-0159-1. 相关阅读 ▶▶▶ 1.项目文章 | ...
Zhou J , Zhang W , Sun Q .R-loop:The new genome regulatory element in plants[J].植物学报:英文版, 2022, 64(12):15.DOI:10.1111/jipb.13383. Sanz L A ,Frédéric Chédin.High-resolution, strand-specific R-loop mapping via S9.6-based DNA–RNA immunoprecipitation and high-throughput sequen...
②Sanz LA, Chédin F. High-resolution, strand-specific R-loop mapping via S9.6-based DNA-RNA immunoprecipitation and high-throughput sequencing. Nat Protoc. 2019 Jun;14(6):1734-1755. pii: 10.1038/s41596-019-0159-1. doi: 10.1038/s41596-019-0159-1....
实际上,您可以使用这种类型的 R-loop 映射实验来大致了解一个基因中存在多少个内含子和外显子,并估计它们的基本长度。 因此,当我们观察来自腺病毒基因组的一个 langer DNA 片段时,会更好地了解这一点,它再次与六邻体 mRNA 杂交。 所以成熟的六邻体mRNA已经被剪接。 这是编码六邻体 RNA 的基因图谱。
以及S9.6抗体的DRIP-seq或者使用Catalytically dead RNaes H1 ChIP-seq(该方法由华人生物学家付向东教授课题组开发,文章第一作者陈亮博士现在是武汉大学研究员,致力于转录过程中形成的特殊DNA/RNA杂合链结构R-loop的动态调节机制、生物学功能以及在疾病发生中的作用机制)的方式,mapping TET1以及GADD45A 的ChIP-seq的...
Mapping R-loops (MapR)是一种依赖于RNaseH,并结合CUT&RUN【12,13】技术来检测基因组中R-loop的方法。在MapR中,失去了催化功能的RNaseH能够结合R-loop,进而利用融合蛋白中的微球菌核酸酶MNase对核酸链进行切割,释放包含有R-loop结构的核酸序列。MapR过程如下图所示,首先将细胞结合到concanavalin A beads上(step...
Mapping R-loops(MapR)是一种依赖于RNaseH,并结合CUT&RUN【12,13】技术来检测基因组中R-loop的方法。在MapR中,失去了催化功能的RNaseH能够结合R-loop,进而利用融合蛋白中的微球菌核酸酶MNase对核酸链进行切割,释放包含有R-loop结构的核酸序列。MapR...
②Sanz LA, Chédin F. High-resolution, strand-specific R-loop mapping via S9.6-based DNA-RNA immunoprecipitation and high-throughput sequencing. Nat Protoc. 2019 Jun;14(6):1734-1755. pii: 10.1038/s41596-019-0159-1. doi: 10.1038/s41596-019-0159-1. ...