有了特异性的抗体，研究者便想到可以使用CUT&Tag的方法来获得R-loop的分布位点，R-loop CUT&Tag技术由武汉大学梁凯威/房萍萍课题组于2021年2月首次发表在Science Advances杂志上[3]。相比传统的DRIP-seq技术,R-loop CUT&Tag大幅简化了流程，它无需交联、超声、免疫沉淀、加接头建库等复杂步骤，细胞量要求少，peak...
R-loop，即由RNA:DNA杂交链与一条被置换的单链DNA构成的特殊三链核酸结构，广泛存在于从动物、植物到细菌等各类生物体的基因组中。现有研究指出，R-loop作为细胞内的关键调节因子，在DNA复制、同源重组、DNA损伤修复及转录等核心生理过程中具有重要作用。在我们先前的文章《特殊DNA-RNA互作R-loop丰富基因转录的表观...
目前检测R-loop位点的实验方法主要有DRIP-seq、DRIPc-seq、R-ChIP、MapR、R-loop CUT&Tag等 。 随着CUT&Tag逐步取代CUT&RUN及ChIP-seq之势,基于MapR技术基础上利用Tn5酶对R-loop进行检测的R-loop CUT&Tag技术,成为研究R-loop的主流技术之一。 R-loop CUT&Tag实验流程[7] 相较其它技术,基于S9.6抗体的R-...
R-loop,即由RNA:DNA杂交链与一条被置换的单链DNA构成的特殊三链核酸结构,广泛存在于从动物、植物到细菌等各类生物体的基因组中。现有研究指出,R-loop作为细胞内的关键调节因子,在DNA复制、同源重组、DNA损伤修复及转录等核心生理过程中具有重要作用。
【答案】 (1)A-U、 T-A、 G-C、 C-G 转录 降低 (2)8400 (3)B (4)转录 翻译 不一定等于 单链 RNA中嘌吟碱基总数与嘧啶碱基总数不一 定相等 (或非模板链中嘌呤碱基总数与嘧啶 碱基总数不一定相等) (5)D【分析】分析题干信息可知:R-loop结构是一种三链 RNA-DNA杂合片段,是在DNA的双链中不 小...
R-loop可通过顺式(cis)和反式(trans)形成,顺式R环是当RNA聚合酶转录时,新生RNA退火至RNAPII后面的DNA模板链上;反式R环是由RNA和远处的DNA链杂交形成,例如基于非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)和向导RNA(gRNA) 的R-loop。 R-loop可通过顺式或反式形成 ...
R-loop 测序分析优势 实验流程 结果展示 R-loop是由转录的RNA链与打开的双链DNA其中一条模板链发生碱基互补配对,形成RNA-DNA杂合链,同时使未配对的另一条DNA链游离在外组成的三方结构 。它们分布广泛,占哺乳动物基因组的 5% 。R-loop经常出现在基因组的启动子和转录终止位点, 影响R-loop形成的结构因素包括高度...
R-loop与癌症的关系 一些致癌事件中,激活的致癌基因可增加R-loop的形成,提高R-loop的水平,从而提高复制压力和基因组不稳定性。 如EWS-FLI1、HRAS-V12和雌激素受体(ER)等致癌基因,可以通过增加RNA合成来促进R-loop的形成。 剪接因子的致癌突变,如U2小核RNA辅助因子1(U2AF1)和SRSF2,可能通过增加共转录剪接缺陷...
R-loop是细胞内一种特殊的三链核酸结构,由一条mRNA链、一条DNA模板链和一条DNA非模板链所组成(如图),它在基因的CpG岛(CpG岛是DNA上富含GC的区域,多位于基因的启动子处)形成,广泛分布在人类基因组中。GADD45A蛋白能识别、结合细胞内的R-Loop,募集去甲基化酶TET1,从而介导CpG岛去甲基化,促进相关基因的表达,在...