`pheatmap` 是 R 语言中一个用于绘制热图的非常流行的包。热图是一种数据可视化方法,它使用颜色的深浅来表示数值的大小,非常适合展示矩阵或表格数据。 ### 基础概念 - **热图**:一...
03pheatmap 我们先不调试参数,直接用pheatmap画一个最简单的热图: > #install.packages(pheatmap) #安装pheatmap > library(pheatmap) #加载pheatmap > pheatmap(htest) 没有对比就没有伤害,这个热图相比上面那张图颜值提升了好几个档次,并且能很清楚的看到右上角和左下角分成了两种不同的颜色,跟我们预设的数据是...
先将gdata行列互换,转换为pheatmap需要的结构: gdata <- t(gdata) #转换纵横 library(pheatmap) #载入R包 现在gdata这样: gdata 3 pheatmap画图 pheatmap(gdata) heatmap 4 初步美化 pheatmap(gdata, color = colorRampPalette(colors = c("blue","white","red"))(100),#设置颜色 scale = "row", #数值...
pheatmap是R语言中的一个包,全称为Pretty Heatmaps,它提供了一种简便的方式来绘制聚类热图。通过pheatmap包,用户可以轻松地创建包含数据聚类结果、颜色渐变、注释等丰富信息的热图,非常适合用于生物信息学等领域的数据可视化。 pheatmap包的主要功能和用途 数据可视化:pheatmap能够将复杂的数据以直观的热图形式展示出来,帮助...
pheatmap实际上是 Pretty Heatmaps 的缩写,简单地来说,一个可以傻瓜式绘制聚类热图的R包。 常用参数介绍 基础设置 main 图的名字 file 要保存图的名字 color 表示颜色,赋值渐变颜色调色板colorRampPalette属性,选择“绿,黑,红”渐变,分为100个等级,,例:color = colorRampPalette(c(“navy”, “white”, “fir...
> pheatmap(aa,color=c("red","white","blue")) #用简单的三色来标记热图,但这样只会出现三个颜色,在视图上会漏掉很多信息 > colorRampPalette(c("red","white","blue"))(200) #把颜色按红白蓝的顺序等分成200份,使用这样的颜色画图能使视图保留原始数据的信息 ...
pheatmap(choose_matrix, #pheatmap包简单作图中心化和标准化的数据 scale = "row",#参数对行进行归一化 color = colorRampPalette(colors = c('#11427C','white','#C31E1F'))(100),#设置热图的颜色 cluster_rows = F,cluster_cols = F,#聚类，有些期刊你会发现它是都进行聚类了，或者是只有行进行...
pheatmap(exp,treeheight_row=0) 其实treeheight_row参数是用来调整树的显示尺寸的;设置为0,也就是不显示树了。 1.4 提取热图的表达矩阵 由于聚类会调整原始数据的行列顺序,如果想要获得热图里的行列顺序数据,可如下调整 ph = pheatmap(exp) ph$tree_row$order ...
pheatmap实际上是 Pretty Heatmaps 的缩写,简单地来说,一个可以傻瓜式绘制聚类热图的R包。 常用参数介绍 基础设置 main 图的名字 file 要保存图的名字 color 表示颜色,赋值渐变颜色调色板colorRampPalette属性,选择“绿,黑,红”渐变,分为100个等级,,例:color =colorRampPalette(c(“navy”, “white”, “fireb...
1.安装并加载pheatmap包,并加载示例数据。 # 安装包 install.packages("pheatmap") # 加载包 library(pheatmap) # 加载数据 load("示例数据.rdata") is.matrix(data) 绘制热图所需的数据结构是矩阵。这里的示例数据data就是一个行为基因,列为样本(T表示肿瘤样本,N表示正常样本)的10*10的矩阵(图1),中间的数...