pheatmap(test, annotation_col = annotation_col,annotation_row=annotation_row, annotation_colors = ann_colors, main = "Title") 设定gap #根据聚类结果,设定行gap pheatmap(test, annotation_col = annotation_col, cluster_rows = FALSE, gaps_row = c(10, 14)) #根据聚类结果,设定列gap pheatmap(test...
rownames(annotation_col) = colnames(test) #构建列的注释信息 ann_colors = list( Type = c( "A"= "#E31A1C", "B"= "#5A8FCA")) #自定义注释色块的颜色 #绘制热图pheatmap(test, annotation_colors = ann_colors, # 指定列分组颜色 annotation_col=annotation_col, # 指定列分组文件 cluster_cols...
pheatmap是绘制热图的神包,在绘制过程总常常会遇到一些小细节,需要慢慢的磨合取调整,下面就逐步来攻克这个过程中的小脾气,首先是列标签颜色的调整,这时候用到的是annotation_colors函数,其输入需要list,如图所示: 将需要赋值的内容调节颜色即可。 参考链接: Raivo Kolde (2019). pheatmap: Pretty Heatmaps. R packa...
G2="lightgreen"))# 自定义样品分组颜色,Genus分组使用默认颜色pheatmap(data_norm,cellheight=20,cellwidth=25,color=colorRampPalette(colors=c("purple","white","green"))(10),display_numbers=data_mark,fontsize_number=18,filename="mark_group.pdf",cutree_rows=2,cutree_cols=3,annotation_col=group...
现在可以使用pheatmap函数来绘制热图。在绘制时,我们需要将我们的分组颜色传递给它。 library(pheatmap)# 加载pheatmap包# 绘制热图pheatmap(data_scaled,# 使用标准化数据cluster_rows=TRUE,# 是否对行进行聚类cluster_cols=TRUE,# 是否对列进行聚类annotation_col=data.frame(Group=factor(groups)),# 添加分组颜色ann...
pheatmap默认会对输入矩阵数据的行和列同时进行聚类,但是也可以通过布尔型参数cluster_rows和cluster_cols设置是否对行或列进行聚类,具体看分析需求。利用display_numbers参数可以在热图中的每个cell中填入想要的信息,例如相对丰度信息。利用cutree_rows和cutree_cols参数可以根据聚类产生的tree信息对热图进行分割。利用annotati...
annotation_colors 用于手动指定annotation_row和annotation_col track颜色的列表。 annotation_names_rowboolean值,显示是否应绘制行注释track的名称。 annotation_names_col 同上,显示是否应绘制列注释track的名称。 使用 安装 install.packages(“pheatmap”)#安装pheatmap包library(pheatmap)#加载pheatmap包?pheatmap#查看phea...
pheatmap(choose_matrix)下面是新代码 library(pheatmap)#加载R包 annotation_col = data.frame(group_list)rownames(annotation_col)=colnames(exprSet)colnames(annotation_col)[1]<-"group"#根据 group list 添加列注释信息，让 case 跟 control 组跟我们前面的样本进行一一对应，annotation_row 添加行注释信息 gr...
annotation_colors 用于手动指定annotation_row和annotation_col track颜色的列表。 annotation_names_row boolean值,显示是否应绘制行注释track的名称。 annotation_names_col 同上,显示是否应绘制列注释track的名称。 使用 安装 install.packages(“pheatmap”) #安装pheatmap包 ...
pheatmap默认会对输入矩阵数据的行和列同时进行聚类,但是也可以通过布尔型参数cluster_rows和cluster_cols设置是否对行或列进行聚类,具体看分析需求。利用display_numbers参数可以在热图中的每个cell中填入想要的信息,例如相对丰度信息。利用cutree_rows和cutree_cols参数可以根据聚类产生的tree信息对热图进行分割。利用annotati...