运行完第 6 步这一句,会在工作目录文件夹内出现一个新的文件夹(DynNomapp),内含ui.R、server.R、global.R、functions.R、data.Rdata和 README.txt 等文件;关掉 Rstudio,打开 ui.R 或 server.R,点击右上角的 Run APP,你会得到一个右上角有 Publis...
第一步我们将映射关系处理好：viz_data_one %>% ggplot(aes(x = age_group, y = framing_score, fill = reward, ymin = lower, ymax = upper))形成下图，在上面的代码中我只是告诉ggplot，我的xy轴分别是那两个变量，用什么变量去映射到填充色，同时上下限分别是多少，仅此而已，我并...
1. Logistic回归的Calibration Curve绘制 read.table("d:\\example.csv",header=TRUE,sep=",")->dataddist<-datadist(data)options(datadist="ddist")model<-lrm(outcome~gene1+gene2+age+stage,data,x=TRUE,y=TRUE)predict.model<-predict(model,data,type="fitted")v.score<-val.prob(predict.model,dat...
plotAUCcurve(time_roc2, conf.int=TRUE, col="blue", add=TRUE) legend("bottomright",c("mayoscore5", "mayoscore4"), col = c("red","blue"), lty=1, lwd=2) #最佳CUTOFF值 df$hgb[which.max(time_ROC_df$TP_3year - time_ROC_df$FP_3year)] #Nomogram #??crerep #Function to cr...
今天主要介绍R语言实现立方样条回归。 读过上面几篇推文的朋友想必已经知道了(没看过的建议先看看),样条回归包括很多种,限制性立方样条只是其中一种,更多的大家可以自己了解。 线性的立方样条 演示所用数据还是用上一篇的数据: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 ...
nomogram<- decision_curve(Risk_Score ~ RAB24+DNAJB9+TOMM5+STAT3+PHF23,data = data3, family = binomial(link='logit'), thresholds= seq(0,1, by = 0.01), confidence.intervals =0.95,study.design ='cohort') List<-list(RAB24,DNAJB9,TOMM5,STAT3,PHF23,nomogram) ...
## Score (logrank) test = 30.49 on 5 df, p=1e-05 接下来,我们可以使用regplot()函数绘制nomogram。在nomogram中,将数据集中id=31的患者各协变量的取值映射到相应的得分,并计算总得分,并分别计算其在36个月和60个月的累计复发概率,此概率即为控制了竞...
Brier score 再来看第二个评价指标，叫做Brier score。这个Brier score是个案在t时间的生存状态减去t时间的预测生存概率的差的平方的均值。其可以用来评价模型的逻辑在于：如果我的模型真的可以很好的预测特定时刻的生存概率，那么对于某个时刻我的生存状态确实是1，那么模型应该说我此时的生存概率无限大；反之模型应该说...
在预测模型中,我们常能见到诺莫图 (Nomogram,也称列线图)的身影,其作为预测模型可视化的一个重要手段,使得预测模型更具可操作性和实用性 目前,我们常用的诺莫图有如下5种类型:线段式的静态诺莫图、彩色条带式的静态诺莫图、基于regplot的动态诺莫图、基于DynNom 的动态诺莫图和基于 shinyPredict 的动态诺莫图。
BX_GLSN_CAT = 'Biopsy Gleason Score Sum', CLIN_STG = 'Clinical stage')) 1. 2. 3. 4. 建立列线图并绘图 AI检测代码解析 nomogram.crr(prostate.g, failtime = 120, lp=FALSE, xfrac=0.65, fun.at = seq(0.2, 0.45, 0.05), funlabel = "Predicted 10-year cumulative incidence") ...