近日，美国斯坦福大学 Karlene A. Cimprich研究组在Nature发表了文章R-loop-derived cytoplasmic RNA–DNA hybrids activate an immune response，发现在细胞质中存在一种新型R-loop，是R-loop加工过程中的产物。此类R-loop会作为免疫原导致免疫反应激活，这一过程会导致的许多疾病的发生。R-loop在转录过程中形成的三...
在mtDNA的控制区域可以检测到R-loop,而R-loop中RNA的3'端与ori-H(重链合成起源)重合。在ori-H处形成R-loop会排斥单链DNA,并启动重链合成的RNA引物。当新合成的重链延伸超过ori-L后,轻链的合成从ori-L启动,从而使mtDNA完全复制。RNaseH1对于R-loop处理和线粒体DNA复制至关重要。尽管R-loop对于mtDNA复制至关...
人类细胞中存在抑制R-loop形成的因素,比如解旋酶SETX能够等解开R-loop的杂交环区域,另外乳腺癌易感基因BRCA1也参与到R-loop的调节之中。 为了研究R-loop的加工过程,作者们使用了GFP标记的重组催化失活型Rnase H1(GFP-dRH)对RNA-DNA杂交进行可视化研究【5】。作者们发...
而R-loop CUT&Tag实验，建议额外增加一种阴性对照：先加入RNase H或RNase A消化R-loop中的RNA链，此时R-loop的丰度大幅减少或消失，再加入一抗S9.6，则S9.6抗体的结合减少或不能结合，信号相比阳性样本减少或消失，从而发挥了阴性对照的作用，以此说明阳性信号的真实性。部分高GC的DNA-RNA杂交体对RNase H具有抗...
4.作者进一步在小鼠细胞中进行调控模型验证,(1)RNase H处理小鼠胚胎干细胞,研究处理前后DNA甲基化修饰变化发现:R-loop环存在降低甲基化修饰水平;(2)ChIP-seq实验研究TET1在基因组结合位置发现RNH1-sensitive TET1 Peak有54%与已发表R-loop mapping重合,且重合的92%均位于CGIs区域。说明R-loop环结构介导CGIs区域去...
大多数的位点对Rnase H处理具有敏感性。在基因内,大多数cytoDRIP位点发生在基因体中;而在基因间区域,增强子则具有RNA-DNA杂交体信号的显著富集。另外,作者们还发现简单重复序列和低复杂度重复序列、着丝粒和rDNA等区域细胞内R-loop出现的概率会明显升高。因此,累积出现的RNA-DNA杂交体来源于基因组,且具有一定的富集...
而R-loop CUT&Tag实验,建议额外增加一种阴性对照:先加入RNase H或RNase A消化R-loop中的RNA链,此时R-loop的丰度大幅减少或消失,再加入一抗S9.6,则S9.6抗体的结合减少或不能结合,信号相比阳性样本减少或消失,从而发挥了阴性对照的作用,以此说明阳性信号的真实性。部分高GC的DNA-RNA杂交体对RNase H具有抗性,因此...
解决R loop的因素 尽管有所有直接阻止R环在转录期间形成的机制,但有时它们无法阻止R环的形成,尽管频率很低。因此,细胞发展出了备份机制来解决R环,并避免它们的累积和对转录和基因组完整性的潜在威胁。可能最相关且最知名的具有这种功能的因子是RNase H,它是从细菌到人类的保守性核糖核酸酶,能够特异性地降解RNA:DN...
在全基因组范围内检测R-Loop结构中的DNA链; RNase H文库,排除基因组DNA的干扰 链特异性的检测 案例解读一:R环与免疫应答 主题:源于 R 环的细胞质 RNA-DNA 杂交体能激活免疫反应 原文:R-loop-derived cytoplasmic RNA–DNA hybrids activate an immune response ...
用 DRIP-seq、(h)MeDIP-seq 筛选结果取交集找到启动子区 R-loop 抑制 DNA 甲基化的基因。用 Arraystar lncRNA 芯片找到参与 R-loop 形成的差异 lncRNA,同时芯片中检测的 mRNA 可用来进一步筛选由于 R-loop 与 DNA 甲基化变化导致表达水平发生变化的蛋白编码基因。筛选到目标基因后可进行相应低通量验证并开展...