pw_plot(chip_rep1[,4], chip_rep2[,4], xlab ="Rep 1 (Log2 Tag Counts)", ylab ="Rep 2 (Log2 Tag Counts)") pw_plot(chip_rep1[,4], chip_rep3[,4], xlab ="Rep 1 (Log2 Tag Counts)", ylab ="Rep 2 (Log2 Tag Counts)") pw_plot(chip_rep2[,4], chip_rep3[,4], x...
R-loop所在非模板链(又称编码链)具有很强的序列偏好性,计算方式为(G-C)/(G+C) R-loop的高通量分析方法目前都是依赖于S9.6抗体捕获RNA/DNA杂合体,然后超声打断或酶切,如果后续对DNA进行测序,那就是DRIP-seq(DNA:RNA immunoprecipitation [DRIP] sequencing),如果后续对RNA逆转成的cDNA继续测序,那就是 [DRIP...
最后将得到的文件导入到R语言中进行作图,使用的是基础绘图系统的光滑散点图(smoothScatter)。 files_list<-list.files("r-chip/analysis/3-genome-coverage","ReadsCoverage")files_path<-file.path("r-chip/analysis/3-genome-coverage",files_list)input_rep1<-read.table(files_path[1],sep='\t')input_r...
你会发现我的实际运行部分脚本有点奇怪,我没有直接运行比对,而是用echo通过管道传递给了bash执行。 这样做的原因是, 当我用sed-i's/| bash/#| bash/ 03.r_chip_align.sh'将|bash替换成#| bash后,运行这个脚本就可以检查代码是否正确,然后再用sed-i s/#|bash/|bash/03.r_chip_align.sh修改回来 。 ...
然而酶切的分辨率不够,超声又容易破坏脆弱的R-loop结构,于是就导致目前很多文献报道有矛盾。 这篇文章就开发了一种新方法,基于RNase H的体内R-loop谱检测策略。作者构建一种没有催化活性,且在C端有一个V5标签的RNASE H1,RNASEH1与RNA/DNA结合,超声打碎,用anti-V5抗体进行染色体免疫共沉淀(ChIP)。随后RNA/DNA杂...
R-loop数据分析之R-ChIP(样本间BAM比较和可视化) 简介:样本间相关性评估上一步得到各个样本的BAM文件之后,就可以在全基因组范围上看看这几个样本之间是否有差异。也就是先将基因组分成N个区间,然后用统计每个区间上比对上的read数。 样本间相关性评估
R-ChIP需要首先获得稳定表达RNaseH的细胞系,这在很多疾病细胞中并不容易获得,因此解决这些问题并开发精确高效的R-loop检测方法非常重要。 近日,美国宾夕法尼亚大学Kavitha Sarma和Roberto Bonasio团队(共同一作为Qingqing Yang和Emily Shields)在Cell Reports上发表文章Mapping Native R-Loops Genome-wide Using a ...
然而酶切的分辨率不够,超声又容易破坏脆弱的R-loop结构,于是就导致目前很多文献报道有矛盾。 这篇文章就开发了一种新方法,基于RNase H的体内R-loop谱检测策略。作者构建一种没有催化活性,且在C端有一个V5标签的RNASE H1,RNASEH1与RNA/DNA结合,超声打碎,用anti-V5抗体进行染色体免疫共沉淀(ChIP)。随后RNA/DNA杂...
武大学者研发出了一种新技术R-ChIP,可特异性识别体内形成的R-loop,通过富集和文库的建立与测序,即可绘制细胞内R-loop的全基因组图谱。 当由转录产生的RNA与模板DNA通过碱基互补配对形成杂合链时,另外一条非模板DNA链将处于单链状态,由此形成的三链核酸结构称为R-loop。R-loop广泛存在于细菌、真菌、植物与动物的...
另外一种方法是依赖于RNaseH,RNaseH能够识别DNA:RNA杂合双链。这类方法包括DNA:RNA in vitro enrichment(DRIVE)【8】和R-loop chromatin immunoprecipitation(R-ChIP)【11】。R-ChIP需要首先获得稳定表达RNaseH的细胞系,这在很多疾病细胞中并不容易获得,...