对于clusterProfiler这个包来说,可以通过BiocManager来安装: if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("clusterProfiler") 将上面的3条命令输入Rstuio并回车后,就会自动安装"clusterProfiler"了,安装过程中,出现下图的提示,选择a,然后回车: 如果安装结束后,出现...
☹️ 我们一般需要使用BiocManager::install函数来进行安装。👇 3.1 举个栗子🌰 这里我们需要先安装并加载BiocManager,然后进行其他R包的安装。 这里我们用下if (!require())来避免二次安装。Note!这里说明一下,还是推荐大家使用if语句来进行R包的安装与加载,在实际应用中要比library好用很多。 👍 代码语言:...
复制 install.packages("tidyr")#CRAN网站 代码语言:r 复制 install.packages('BiocManager')#Bioconductor网站BiocManager::install("limma") 代码语言:r 复制 install.packages('devtools')#github网站devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1")#括号里写作者用户名加包名#安装 TwoSampleMR,在bing上搜属于哪个网...
# If the input port is not connected, the corresponding # dataframe argument will be null. # Param<dataframe1>: a R DataFrame # Param<dataframe2>: a R DataFrame azureml_main <- function(dataframe1, dataframe2){ print("R script run.") if(!require(zoo)) install.packages("zoo",repo...
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager", repos = site) current_packages = rownames(installed.packages()) needed_packages = c("maftools", "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38", "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19") ...
loaded correctly")} else {print("trying to install lme4")install.packages("lme4")if(require(...
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("rifi") To install directly from github: install_github('rifi') Usage Overview Rifi consists of five top level steps for data processing, at the core of which, the fitting of the input...
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ConsensusClusterPlus") ### 导入数据进行预处理 ##使用ALL示例数据library(ALL)data(ALL)d=exprs(ALL)d[1:5,1:5] #共128个样品,12625个...
if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("GSVA")BiocManager::install("GSVAdata") 接下来我们看下前期的数据清洗。我们需要用到R包genefilter中的nsFilter函数: 其中主要的参数: Require.GOBP, require.GOCC, require.GOMF, require.CytoBand指是否只保...
R语言中包的安装和加载(导入)、使用install.packages函数、library函数、require函数 R中包(package)是函数、数据和以定义良好的格式编译的代码的集合。 存储包的目录称为库(library)。 R除了初始安装的包以外、还附带了一套标准的软件包。 其他包可供下载和安装。