这个是我fdrtool矫正deseq2中p 值的代码：mydata=res1 mydata <- mydata[ !is.na(mydata$padj)...
#install.packages("fdrtool") #install.packages("edgeR") library(edgeR) library("fdrtool") 3 导入数据 rawdata <- read.table("Countdata.txt", header = T, row.names = 1) head(rawdata) 制作样本文件的注释信息 group <- factor(c(rep("CK",3),rep("Treat",3))) 4 数据处理 过滤与标准...
1.安装,先装原生系统 ,再装studio,选老一点的版本,兼容32bit。 2.数据库导入:数据库最好不含任何中文字符(可以有缺失)。在spss里存为CSV,正常之后,在用excel打开,看数据有没有跑行,然后转存为excel,然后import file。 3.确定使用的分析包,上网搜。 4.拟采用survival,survminer,plyr,fdrtool(控制变量) R语...
library("fdrtool") fdr = fdrtool(pvalues, statistic="pvalue") fdr$qval # estimated <em 浏览2提问于2013-06-08得票数 1 回答已采纳 7回答 如何在Python语言中实现R的p.adjust 、、、 我有一个p值列表,我想为的多次比较计算调整后的p值。在R中,我可以使用:pval <- pval[,1]print(length(pval[...
FDR校正的实现: 利用p.adjust函数 data<-c(0.05,0.90,0.89……) ##data需要从小到大 p.adjust(data,method="fdr",n=length(data)) or library('fdrtool') data<-c(0.05,0.90,0.89……) fdr=fdrtool(data,statistic="pvalue") fdr$qval # estimated Fdr values ...
fdrtool 1.2.15 https://cran.r-project.org/web/packages/fdrtool/index.html fGarch 3042.83.1 https://cran.r-project.org/web/packages/fGarch/index.html 欄位 9.6 https://cran.r-project.org/web/packages/fields/index.html filehash 2.4-1 https://cran.r-project.org/web/packages/filehash/in...
library('fdrtool') data <- c(0.05, 0.90, 0.89, ...) fdr <- fdrtool(data, statistic = "pvalue") fdr$qval # 估计的FDR值 fdr$lfdr # 估计的局部FDR这将输出FDR的估计值，以及可能在特定点上的局部FDR，帮助我们更细致地分析结果。通过以上的阐述，FDR的概念、其与Q值的关系以及...
比较两个向量的FDR 、、、 我们给出了一个2列(样本、实验条件)和n行(例如基因)的矩阵,我们的目的是确定两个样本之间(在特定的FDR上)发生显著变化的基因。如何使用R执行此操作?下面是fdrtool包手册中的一个示例,它演示了如何从p值向量计算FDR: library("fdrtool") data(pvalues) fdr = fdrtool(pvalues...
p值校正 FDR python p值校正r语言 p.adjust() library("fdrtool") https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/p.adjust.html http://www.360doc.com/content/17/1228/11/50153987_717073620.shtml http://www.360doc.com/content/18/0914/23/52043738_786760347.shtml...
fdrtool 1.2.15 https://cran.r-project.org/web/packages/fdrtool/index.html fGarch 3042.83.1 https://cran.r-project.org/web/packages/fGarch/index.html fields 9.6 https://cran.r-project.org/web/packages/fields/index.html filehash 2.4-1 https://cran.r-project.org/web/packages/filehash/...