xlab="p-values",cex.main=1) hist(corrected$pval, main="my data now (using fdrtool)",...
2 导入相关包 #install.packages("fdrtool") #install.packages("edgeR") library(edgeR) library("fdrtool") 3 导入数据 rawdata <- read.table("Countdata.txt", header = T, row.names = 1) head(rawdata) 制作样本文件的注释信息 group <- factor(c(rep("CK",3),rep("Treat",3))) 4 数据处...
fdrtool 1.2.15 https://cran.r-project.org/web/packages/fdrtool/index.html fGarch 3042.83.1 https://cran.r-project.org/web/packages/fGarch/index.html fields 9.6 https://cran.r-project.org/web/packages/fields/index.html filehash 2.4-1 https://cran.r-project.org/web/packages/filehash/...
当然，如果你想要更专业的FDR工具，可以引入fdrtool包，如:library('fdrtool') data <- c(0.05, 0.90, 0.89, ...) fdr <- fdrtool(data, statistic = "pvalue") fdr$qval # 估计的FDR值 fdr$lfdr # 估计的局部FDR这将输出FDR的估计值，以及可能在特定点上的局部FDR，帮助我们更细致...
比较两个向量的FDR 、、、 我们给出了一个2列(样本、实验条件)和n行(例如基因)的矩阵,我们的目的是确定两个样本之间(在特定的FDR上)发生显著变化的基因。如何使用R执行此操作?下面是fdrtool包手册中的一个示例,它演示了如何从p值向量计算FDR: library("fdrtool") data(pvalues) fdr = fdrtool(pvalues...
在R的GDCRNATools包中就内置了一个专门画火山图的函数,叫做gdcVolcanoPlot。我们有两种方法可以获取这个函数的源代码。 1.通过下面的链接来获取gdcVolcanoPlot的源代码 https://rdrr.io/bioc/GDCRNATools/src/R/gdcDEGVisulization.R 2.从Bioconductor官网上去下载这个R包的所有源代码, ...
FDR计算使用R是指在FDR(False Discovery Rate,假发现率)计算过程中使用R语言进行数据分析和统计计算。R是一种开源的编程语言和环境,专门用于统计计算和数据可视化。它提供了丰富的统计分析函数和包,可以进行数据处理、建模、可视化等操作。 FDR是一种用于多重假设检验的统计方法,用于控制在进行多个假设检验时产生的错误...
3.确定使用的分析包,上网搜。 4.拟采用survival,survminer,plyr,fdrtool(控制变量) R语言之survival-生存分析(原文转自公众号:你忘拿伞了) library(survival) library(survminer) 两分组最佳cutoff cutoff<-surv_cutpoint(survival_OS_data, #数据集
p值校正FDR pythonp值校正r语言 p.adjust()library("fdrtool")https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/p.adjust.htmlhttp://www.360doc.com/content/17/1228/11/50153987_717073620.shtmlhttp://www.360doc.com/content/18/0914 ...
Power BI 服务支持已在 CRAN 发布的程序包。 此服务不支持专用或自定义 R 包。 我们鼓励用户在申请使用 Power BI 服务中提供的包之前,先在 CRAN 上公布其私有包。 Power BI Desktop 具有两种 R 程序包变体: 对于R 视觉对象,可以安装任意程序包,包括自定义 R 程序包 对于自定义 R 视觉对象,仅支持公用 CRAN...