my_data<- tidyr :: separate(my_data, gene_id,into = c('gene_id' , 'junk'), sep='\\.') my_data<- my_data[,-2] #去掉行名中的小数点后面数字。 download.file('ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-99/gtf/homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gtf.gz','Homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gtf.gz'...
预先准备的ENSEMBL ID,如何找到他们对应的Gene ID(ENTREZID)和Symbol,例如ID 中的,获得的对应关系:ID_list> ID [1] "ENSG00000256069" "ENSG00000127837" "ENSG00000129673" "ENSG00000276016" "ENSG00000075624" "ENSG00000204262" [7] "ENSG00000149294" "ENSG00000069943" "ENSG00000173992" "ENSG00000166171" "ENS...
Ensembl数据库中包含了212个数据集,我们选择"hsapiens_gene_ensembl"。输入: data=listDatasets(mart)data2=useDataset("hsapiens_gene_ensembl",mart=mart) 可在data2中生成智人ensembl的基因组。 下面开始转换。导入数据 (导入数据前记得在原csv文件的A1中加入列名“Gene_ID”,后续代码有利用到,而源文件没有这个...
而是肽ID(以ENSP开头)。要获得所需信息,请尝试将ensembl_gene_id替换为ensembl_peptide_id:...
Ensembl_ID <- data$Ensembl_ID # 采用bitr()函数进行转换 gene_symbol <- bitr(Ensembl_ID, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "ENTREZID"), OrgDb="org.Hs.eg.db") # 查看转换的结果 head(gene_symbol) data=data.frame(gene_id,data[match(gene_id$ENSEMBL,data$Ensembl_ID),])#匹配到...
#[1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLPROT"#"ENTREZID"#[7] "ENZYME" "EVIDENCE" "EVIDENCEALL" "GENENAME" "GO" "GOALL"#[13] "IPI" "MAP" "OMIM" "ONTOLOGY" "ONTOLOGYALL" "PATH"#[19] "PFAM" "PMID" "PROSITE" "REFSEQ" "SYMBOL" "UCSCKG" ...
1.请根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl 基因ID 对应的基因名(symbol) 包中自带函数toTable可以将各种命名方式转换为数据框 其中每种命名方式都和共同的gene_id对应,可以通过gene_id对各个命名数据框进行联结操作。 > head(toTable(org.Hs.egENSEMBL)) ...
#将行名改为Gene name row.names(expr)<-expr$gsym #将添加的gsym这一列删除 expr<-slect(expr,-gsym) #将修改的结果文件保存 write.table(expr,"TCGA-KIRC-expr.txt",col.names=T,row.names=T,sep="\t") 最终将Ensembl ID转化为gene name,有需要的可以借鉴学习,在这里需要注意的是多个Ensembl ID对应...
gene symbol转成Entrez gene ID entriz<-mapIds(org.Hs.eg.db,keys=m6a_sym,keytype="SYMBOL",column="ENTREZID")entriz 当然也可以一次性转换到多种ID #一次性转换到ENSEMBL ID,ENTREZ ID和UNIPROT IDAnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db,keys=m6a_sym,keytype="SYMBOL",columns= c("ENSEMBL","ENTREZID...