humanGTF$gene_id <- str_split(humanGTF$gene_id,"[.]",simplify = T)[,1] # ICGC的基因名字不包括版本号,这里需要对ENSEMBL进行整理,删除“.”和后面的数字 humanGTF <- unique(humanGTF) %>% dplyr::select(gene_id,symbol) # 去重 humanGTF <- humanGTF[which(humanGTF$gene_id %in% count$gen...
frame( ensembl_gene_id = gtf_data$gene_id, gene_symbol = gtf_data$gene_name ) # 去重(如果有重复项) gene_info <- unique(gene_info) # 查看结果 head(gene_info) ## ensembl_gene_id gene_symbol ## 1 ENSG00000142611 PRDM16 ## 221 ENSG00000284616 <NA> ## 227 ENSG00000157911 PEX10 #...
AI代码助手复制代码 基于提取的ENSEMBL ID,提取对应的所有Gene ID(ENTREZID),(以及Symbol),并查看一下提取的内容。 >list=select(org.Hs.eg.db,keys=k,columns = c("ENTREZID","SYMBOL"), keytype="ENSEMBL")'select()' returned 1:many mapping between keys and columns>dim(list)[1] 29140 3>head(...
my_data<- tidyr :: separate(my_data, gene_id,into = c('gene_id' , 'junk'), sep='\\.') my_data<- my_data[,-2] #去掉行名中的小数点后面数字。 download.file('ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-99/gtf/homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gtf.gz','Homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gtf.gz'...
可在data2中生成智人ensembl的基因组。 下面开始转换。导入数据 (导入数据前记得在原csv文件的A1中加入列名“Gene_ID”,后续代码有利用到,而源文件没有这个列名): RNA_seq<-read_csv("GSE213001_Entrez-IDs-Lung-IPF-GRCh38-p12-logRPKMs-normalised.csv") ...
而是肽ID（以ENSP开头）。要获得所需信息，请尝试将ensembl_gene_id替换为ensembl_peptide_id：...
#将行名改为Gene name row.names(expr)<-expr$gsym #将添加的gsym这一列删除 expr<-slect(expr,-gsym) #将修改的结果文件保存 write.table(expr,"TCGA-KIRC-expr.txt",col.names=T,row.names=T,sep="\t") 最终将Ensembl ID转化为gene name,有需要的可以借鉴学习,在这里需要注意的是多个Ensembl ID对应...
1.请根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl 基因ID 对应的基因名(symbol) 包中自带函数toTable可以将各种命名方式转换为数据框 其中每种命名方式都和共同的gene_id对应,可以通过gene_id对各个命名数据框进行联结操作。 > head(toTable(org.Hs.egENSEMBL)) ...
as.vector(gene.ens.id) ## 有版本号,直接转不行的, 这句代码是去除版本号的,没有版本号的可以忽略 #gene.ens.id <- gsub("\..*", "", gene.ens.id))#去版本号 六、ID转换 gene.symbol <- bitr(geneID = gene.ens.id, fromType = "ENSEMBL", ...
首先,你需要明确你想要将哪种类型的基因ID转换为哪种类型。例如,你可能想要将Entrez ID转换为Gene Symbol,或者将Ensembl ID转换为RefSeq ID。 2. 查找并确定适用的R语言包或函数来进行基因ID转换 在R中,有多个包可以用于基因ID转换,其中最常用的是biomaRt和clusterProfiler。biomaRt包提供了与Ensembl BioMart数据库的...