my_data<- tidyr :: separate(my_data, gene_id,into = c('gene_id' , 'junk'), sep='\\.') my_data<- my_data[,-2] #去掉行名中的小数点后面数字。 download.file('ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-99/gtf/homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gtf.gz','Homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gtf.gz'...
humanGTF$gene_id <- str_split(humanGTF$gene_id,"[.]",simplify = T)[,1] # ICGC的基因名字不包括版本号,这里需要对ENSEMBL进行整理,删除“.”和后面的数字 humanGTF <- unique(humanGTF) %>% dplyr::select(gene_id,symbol) # 去重 humanGTF <- humanGTF[which(humanGTF$gene_id %in% count$gen...
AI代码助手复制代码 基于提取的ENSEMBL ID,提取对应的所有Gene ID(ENTREZID),(以及Symbol),并查看一下提取的内容。 >list=select(org.Hs.eg.db,keys=k,columns = c("ENTREZID","SYMBOL"), keytype="ENSEMBL")'select()' returned 1:many mapping between keys and columns>dim(list)[1] 29140 3>head(...
我们使用Ensembl,输入: Ensembl数据库中包含了212个数据集,我们选择"hsapiens_gene_ensembl"。输入: 可在data2中生成智人ensembl的基因组。 下面开始转换。导入数据 (导入数据前记得在原csv文件的A1中加入列名“Gene_ID”,后续代码有利用到,而源文件没有这个列名): 输入listFilters(data2)可以查看要选择获得的数值类...
genes <- rownames(pbmc.markers) G_list <- getBM(filters= "ensembl_gene_id", attributes= c("ensembl_gene_id","hgnc_symbol"),values=genes,mart= mart) 其中genes为一个向量,打印出来,如: [1] "ENSG00000197579" "ENSG00000123096" "ENSG00000143815" "ENSG00000118257"...
而是肽ID（以ENSP开头）。要获得所需信息，请尝试将ensembl_gene_id替换为ensembl_peptide_id：...
no seqlengths # 提取ENSG ID和基因符号 gene_info <- data.frame( ensembl_gene_id = gtf_data$gene_id, gene_symbol = gtf_data$gene_name ) # 去重(如果有重复项) gene_info <- unique(gene_info) # 查看结果 head(gene_info) ## ensembl_gene_id gene_symbol ## 1 ENSG00000142611 PRDM16 #...
#[1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLPROT"#"ENTREZID"#[7] "ENZYME" "EVIDENCE" "EVIDENCEALL" "GENENAME" "GO" "GOALL"#[13] "IPI" "MAP" "OMIM" "ONTOLOGY" "ONTOLOGYALL" "PATH"#[19] "PFAM" "PMID" "PROSITE" "REFSEQ" "SYMBOL" "UCSCKG" ...
geneID:输入待转换的geneID fromType:输入的ID类型 toType:希望输出的ID类型 OrgDb:注释对象的信息 drop:drop = FALSE 保留空值 以TP53为例,希望输出’ENTREZID’,’ENSEMBL’,’REFSEQ’ my_id <- c("TP53") output <- bitr(my_id, fromType = 'SYMBOL', ...
#将行名改为Gene name row.names(expr)<-expr$gsym #将添加的gsym这一列删除 expr<-slect(expr,-gsym) #将修改的结果文件保存 write.table(expr,"TCGA-KIRC-expr.txt",col.names=T,row.names=T,sep="\t") 最终将Ensembl ID转化为gene name,有需要的可以借鉴学习,在这里需要注意的是多个Ensembl ID对应...