以后送样本测序(bulk RNA-seq),只需测序公司提供Count表达矩阵,不需要进行数据作图,每个样本轻松省去上千块费用;并且可以根据课题需要,不断个性化调整分析和可视化参数; RNA-seq数据从Count表达矩阵开始进行数据清洗整理、样本聚类分析、PCA分析、特定基因表达、差异表达分析、通路富集分析(GO、KEGG)及GSEA分析; 将以上...
可以挑选其中一个样本做后续分析就可以了。TCGA里面的RNAseq数据有很多这种情况，一般就是挑选一个肿瘤...
R语言如何处理GSE数据 r语言rnaseq 数据gsea分析 geo读取表达矩阵 RNA-seq R语言方法一:1.从geo页面直接下载表达矩阵,然后通过r读取表达矩阵 2.利用getgeo函数读取表达矩阵 3.利用geo自带的geo2r,调整p值为1,获取探针和基因名的对应关系 1 #http://zouyawen.top/2020/10/09/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%8...
然后是peer这个R包 https://github.com/PMBio/peer 这个R包的主页,但是按照这个主页的安装方法试了一下没有成功,主要是编译的时候需要复制文件到usr目录下,我没有权限,不知道怎么更改编译的目录。主页上提供的R包下载链接好像失效了, 找到了一个简书链接 https://www.jianshu.com/p/3b613cafafe8 提供了一个...
没关系~七张图教会你用GraphPad画火山图[哇R]数据预处理将RNAseq数据中的geneID、logFold change、Padj/FDR复制到新的表格中点击“排列和筛选”中“筛选”,第一行的每个单元格会出现小箭头分别点击小箭头进行筛选:UP:FDR<0.05,logFC>1;DOWN:FDR<0.05,logFC<-1;No difference:不属于UP和DOWN的其他数据[哇R]...