RNA-seq数据从Count表达矩阵开始进行数据清洗整理、样本聚类分析、PCA分析、特定基因表达、差异表达分析、通路富集分析(GO、KEGG)及GSEA分析; 将以上数据分析结果进行聚类热图、PCA图、箱线图、富集分析(个性化展示)气泡图和柱状图、单样本及多样本GSEA分析图; 将课程内容学懂吃透,融会贯通后,具备为别人提供RNA-seq数据...
R语言如何处理GSE数据 r语言rnaseq 数据gsea分析 geo读取表达矩阵 RNA-seq R语言方法一:1.从geo页面直接下载表达矩阵,然后通过r读取表达矩阵 2.利用getgeo函数读取表达矩阵 3.利用geo自带的geo2r,调整p值为1,获取探针和基因名的对应关系 1 #http://zouyawen.top/2020/10/09/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%8...
https://github.com/YaoZhou89/TGG/tree/main/5.Genetic_analysis 论文中做了eQTL的相关分析,转录组数据处理部分的方法写到 Genes with TPM values of >0.5 were defined as expressed. Only genes expressed in at least 100 accessions were retained for the downstream analyses. Raw expression levels were nor...
可以挑选其中一个样本做后续分析就可以了。TCGA里面的RNAseq数据有很多这种情况,一般就是挑选一个肿瘤...
RNA-seq数据从Count表达矩阵开始进行数据清洗整理、样本聚类分析、PCA分析、特定基因表达、差异表达分析、通路富集分析(GO、KEGG)及GSEA分析; 将以上数据分析结果进行聚类热图、PCA图、箱线图、富集分析(个性化展示)气泡图和柱状图、单样本及多样本GSEA分析图; ...