ggsave('heatmap_corr.png',height = 2, width = 2) 在这段代码中,我们使用ggplot函数创建了一个基本的绘图对象,并使用geom_tile函数绘制了热图。通过geom_text函数,我们还添加了对应的p值显著性标记。这张热图将展示环境因子和物种之间的相关性,并通过颜色填充来表示p值的显著性。 接下来,我们定义一个函数cal...
Block_Stage <- ggplot(data = Group,aes(Sample_id,Yaxis,fill = Stage))+ geom_tile()+ scale_fill_manual(values = c("#3B9AB2", "#78B7C5"))+ theme_void() + mytheme2 Block_AFP <- ggplot(data = Group,aes(Sample_id,Yaxis,fill = AFP))+ geom_tile()+ scale_fill_continuous(low =...
ggplot(data)+ geom_tile(aes(x=Pos,y=Group,fill=value)) 1. 2. 分面展示图 上图仅展示了一个分组的数据,如果想将不同Class的数据也一起画出来,则需要借助分面功能: plot <- ggplot(data, aes(x = Pos, y = Group)) + geom_tile(aes(fill = value), colour = "white") + scale_fill_grad...
ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour="white", #linewidth=2, width=.9, height=.9) 1. 2. 3. 4. 5. image.png 这里原来热图对应的小单元格高和宽是都可以调整的 调整热图的颜色和图例 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour="white...
ggplot2绘图系统——heatmap、geom_rect 这里不介绍更常见的pheatmap包。 1.heatmap函数 基础包。 2.geom_tile ggplot2 中,热图可看作若干个小矩形组成。其几何对象就是rect(矩形)或tile(瓦片),两者效果相同。
library(readxl)df5<-read_excel("Cor/exampledf.xlsx",sheet="Sheet5")df5library(ggplot2)ggplot()+geom_tile(data=df5,aes(x=x,y=y),fill="white",color="grey") image.png 如果是画三角热图示例数据如下 image.png 这种是宽格式数据,读取数据然后转换为长格式 ...
geom_tile(data=df2,aes(x=sample, y=sample1), fill="white",color="grey")+ #theme_void() + theme(axis.text = element_text())-> p2.1 p2.2<-p2.1+theme(axis.title = element_blank(), axis.text.y = element_blank(), axis.ticks = element_blank(), ...
ggplot2也有直接做热图的函数 geom_tile(),ggplot2做热图可能代码稍微繁琐,但是优点是细节调整方便,基本上所有的细节都可以用代码来调整 ggplot2做热图还需要掌握的一个知识点是 长格式数据 和 宽格式 数据,ggplot2作图的输入数据都是长格式数据,长格式数据如下,一列x,一列y,还有一个数据 ...
p2+geom_tile(data=df2,aes(x=sample,y=sample1),fill="white",color="grey")+#theme_void()+theme(axis.text=element_text())->p2.1p2.2<-p2.1+theme(axis.title=element_blank(),axis.text.y=element_blank(),axis.ticks=element_blank(),panel.background=element_blank(),legend.position=c(0.9...
geom_polygon()多边形图 geom_rect()、geom_tile()、geom_raster()矩形热力图 library(ggplot2)library(patchwork) df<-data.frame(x=c(3,1,5),y=c(2,4,6),label=c("a","b","c"))p<-ggplot(df,aes(x,y,label=label))+labs(x=NULL,y=NULL)+theme(plot.title=element_text(size=12))p+...