由于QTLseqr只支持两个样本的数据输入,当把亲本1(P1),亲本2(P2),子代1(S1),子代2 (S2) 四组样本数据合并成一个VCF的进行分析的时候就会报错。而我们还需要亲本数据进行位点的筛选,因此,我们可以先按照亲本纯合且差异的标准对位点进行过滤得到merge.filter.vcf(过滤脚本会在实用脚本分享里分享),再从中将子代两...
QTLseqr是一个用于BSA-seq的R包,它能够读取GATK输出结果进行过滤,最终使用SNP-index和G 统计值的方法进行定位。我们这次尝试使用这个R包来替代我们自己手撸代码来分析一批水稻BSA数据,文章的数据在如何使用BSA方法进行遗传定位(水稻篇)提供了下载链接。 首先是安装和加载R包,由于QTLseqr目前托管在GitHub上,因此需要用...
在读段回贴之前,先对基因组过滤,去除碎片 QTLseqR 的时候,指定为较大的染色体集合
软件名称面向QTLseqr分析的VCF数据格式转换程序软件 软件简称FDGT版本号V1.0 登记号2022SR0077213分类号- 著作权人俎峰首次发表日期- 登记日期2022-01-12 天眼查为你找到9位与“俎峰”同名老板相关信息更多 俎 俎峰 任职2家企业,分布如下 广东(共2家) ...
由于QTLseqr只支持两个样本的数据输入,当把亲本1(P1),亲本2(P2),子代1(S1),子代2 (S2) 四组样本数据合并成一个VCF的进行分析的时候就会报错。而我们还需要亲本数据进行位点的筛选,因此,我们可以先按照亲本纯合且差异的标准对位点进行过滤得到merge.filter.vcf(过滤脚本会在实用脚本分享里分享),再从中将子代两...