QTL-seq系列 | 使用easyQTLseq进行QTL-seq分析 QTL-seq是一种结合混池分离分析(Bulked segregant analysis,BSA)和高通量测序的方法[1],这种方法对于质量性状 QTL 或数量性状主效 QTL 定位具有省时省力省钱的特点。我们在前面已经介绍过QTL-seq分析的原理以及如何计算QTL-seq中的的置信区间。这里我们介绍如何使用R包...
在经过上述处理后,剩下的 SNP 可以用于 QTL-seq 分析,在分析之前应当检查一下 SNP 位点沿染色体的分布情况。这个分析所使用的参考基因组有很多没有挂载到染色体的 scaffold 片段,这里使用targetChr指定只分析19条染色体上的分布,并且这个基因组的染色体命名是按照 scaffoldA01、scaffoldA02 ... 这种格式,因此使用chrLa...
BSA分析(八)QTL-seq ❝「因业务拓展,想组建一个数据分析团队(目前已有RNA-Seq、Chip-Seq、重测序与群体遗传、基因家族、比较基因组、宏基因组、微生物多样性16s/18s/ITS方向专业人员),欢迎有各种数据分析基础的朋友加入我们! ——Bioinfor 生信云」 ❞ QTL-seq 分析 数据准备 亲本、低值混池、高值混池 使...
分步进行 QTL-seq 分析 1.构建基因组index 2.两组数据分别进行比对 3.变异检测 4.变异过滤 5.变异注释 6.QTL-seq 分析 前五个步骤在前面推文中已经跑过,大家可自行查看,这里只演示第六步 ## 使用qtlseq软件中的qtlplot进行分析qtlplot \--vcf all.vcf \ # vcf 文件中样本顺序需要为亲本、混池1(与亲本...
JIA | 西北农林科技大学园艺学院王西平教授团队QTL-seq分析揭示葡萄无核分子研究新思路 无核是当前鲜食葡萄生产和消费的重要发展趋势和育种方向,葡萄无核性状成因复杂,涉及多个生物学过程,种子发育过程中胚、胚乳及种皮任何一个环节异常都会...
（1）置信区间计算可参考源代码：https://www.omicsclass.com/article/1304
不是 QTL-seq 分析一般需要两个亲本、两个混池？ $ qtlseq -r reference.fasta \ -p parent....
利用实验室收集的优良种质资源籼稻亲本B91及B233分析影响粒质量的关键表型性状,挖掘粒质量相关的遗传位点与候选基因,进一步了解多基因调控粒型性状的遗传基础,以期在种质资源改良中加以应用.以2个籼稻亲本B91和B233及杂交繁育的F2群体为研究材料,对B91和B233籽粒颖壳和胚乳进行扫描电镜观察,测定两亲本灌浆速率;.....
结合QTL-seq 和连锁分析发掘水稻中胚轴伸长相关QTL 刘 畅1 孟 云1 刘金栋1 王雅美1,* Guoyou Ye 1,2 1 中国农业科学院深圳农业基因组研究所, 广东深圳 518120;2 国际水稻研究所, 菲律宾马尼拉 DAPO Box 7777 摘 要: 中胚轴长度(mesocotyl length, ML)是影响旱直播水稻出苗和早期幼苗活力...
为研究铝毒对油菜种子萌发过程影响的分子机理, 本文采用RNA-seq技术对耐铝品系18D300和敏铝品系27011进行转录组分析, 共检测到9344个显著差异表达基因[|log2(fold change)|≥1和FDR≤0.05], 其中4406个DEGs基因上调, 4938个DEGs下调。GO富集分析发现, 差异表达基因主要与氧化反应、细胞碳水化合物代谢过程、转运蛋白...