两个品系 A 和 B 杂交后自交所得的F2群体也可以用于进行 QTL-seq 分析,优点是获得群体所需时间短,但是由于基因型的不可重复性,因此适合于检测效应较大的 QTLs。 QTL-seq 简化流程图 1.2 测序分析 如图a所示,我们拟分析与水稻株高相关的 QTL。如果有多个 QTL 影响株高,不同株高的频数分布图将近似于正态分布。
1软件安装,由于该方法是在linux上运行的,而有些软件现在已经更新,但是QTL-seq分析流程是用的旧版本软件,因此需要安装一下。 这是pipeline里要求的,根据我的经验,Perl、R、BWA、这几个用新版就行,其他几个我是按照要求安装的。下载地址:https://pan.baidu.com/s/107zzd-l0ODT8iDRxGv5Czg 2 安装qtl-seq pi...
一、分析流程2 二、调参示例7 示例: /lustre/Work/project/genome/20170523_Oryza_sativa_BSA/01.QTL-seq/ 一、工作原理 所需文件:1个亲本数据,2个混池数据 1.将亲本数据比对到参考基因组,进行snp检测; 2.将参考基因组的snp位点进行碱基替换,构建新的reference; 3.将亲本数据比对到新的参考基因组,进行snp检...
在他们的RNA-seq实验中,文库是从7个生物独立的样本中制备的:4个对照样本和3个敲除 pasilla 的样本。在 Illumina Genome Analyzer II 上对文库进行单端和对端测序,并对不同的读取长度进行测序。RNA-seq 数据可从 NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)下载(GSE18508)。在下面的示例中,使用 PasillaTranscriptExpr 包中...
几乎所有变异检测的软件或流程出来的结果都是需要过滤的。因为每个人认为可靠的 SNP 的标准是不同的。比如有些人觉得测序深度要10X,有些人觉得5X就足够了。在TBtools的这个Pipeline中,我们直接用默认的。逻辑上对BSAseq影响不大。 这一步逻辑上非常快。事实上,整体流程瓶颈还是在比对。等待几分钟即可。
20、gaaggtcggagtcaacggattctgcaaataggcgtgatccattta (seq id no.5),其中5’端加上六氯荧光素氨基磷酸酯的荧光信号标签; 21、反向通用引物1-3960r的核苷酸序列为:atctgcattgaaaggggcca(seq id no.6)。 22、在一些实施方案中,所述qgpc2的分子标记引物包括:第一引物组和第二引物组,其中,第一引物组为: ...
最终通过进一步分析群体杂合子数据,包含qpsse-7的染色体区段被进一步定位于rm5436和rm5499之间,大约涵盖1000kb物理距离。所述分子标记rm5499的引物为:上游引物ggacgaaagggtatttgattgg(seqidno.5所示),下游引物cctcaaggtggtctccttctcc(seqidno.6所示)。 为缩小qpsse-7区间,我们共检测了58对ssr引物,其中仅有8对...
QTL-seq流程说明文档版本号v1.0撰写日期:2017.6.26撰写者:柯文斯目录一、分析流程 2二、调参示例 7示例:/lustre/Work/project/genomeOryza_sativa_BSA/01.QTL-seq/一、工作原理所需文件:1个亲本数据,2个混池数据将亲本数据比对到参考基因组,进行snp检测;将参考基因组的snp位点进行碱基替换,构建新的reference;将...