conda install -c bioconda qtlseq 完事就安装完毕了,这个流程里面包含了BWA、samtools、BCFtools、Snpeff、Trimmomatic等软件,还有一些python依赖库用于绘图什么的,反正都可以用上面那个命令安装完。 使用命令很简单,就一行 qtlseq usage: qtlseq -r <FASTA> -p <BAM|FASTQ> -b1 <BAM|FASTQ> -b2 <BAM|FASTQ> ...
TECHNICAL ADVANCE/RESOURCEQTL-seq: rapid mapping of quantitative trait loci in rice bywhole genome resequencing of DNA from two bulkedpopulationsHiroki Takagi 1,2 , Akira Abe 2,3 , Kentaro Yoshida 1 , Shunichi Kosugi 1 , Satoshi Natsume 1 , Chikako Mitsuoka 1 , Aiko Uemura 1 ,Hiroe Ut...
QTL-seq目前已成功对油黄瓜开花性状、番茄果实重量、鹰嘴豆百粒重跟根性状、木豆枯萎病与不育花叶病抗性等研究定位。 微分基因采用QTL-seq方法进行目标性状定位,结合公司丰富的项目经验,专业的项目方案和分析流程,可有效找到候选基因并缩小目标基因范围。 今天有关QTL-seq的介绍就到这啦,如果您有QTL-seq的研究计划,...
其中dQTG-seq1方法利用F2群体极端池标记等位基因数目来预测其基因型数目,通过观测的标记等位基因数目和预测的标记基因型数目构建了新统计量Gw,能显著提高基因检测功效。 其中dQTG-seq2方法可以处理基因效应较小或显性比太大的情况,对保留的每个极端表型个体DNA或RNA样品进行深度测序,利用观测的标记等位基因和基因型数目...
摘要: 为了分析樱桃番茄‘VFNT Cherry’(syn.LA1221)和加工番茄‘Heinz1706’组配的F1代果实质量超亲杂种优势的遗传基础,利用其F2群体,通过QTL-seq和单标记分析法进行了果实质量QTL定位,共检测到10个果实质量位点,其中8个位点的大果等位基因为显性,包括部分显性位点5个[QTL or Fru... 查看全部>> ...
叶球成熟至开裂的时间(裂球时间)是影响甘蓝耐裂球性的重要因素.通过遗传分析,明确甘蓝裂球时间的遗传模式,并对裂球时间进行QTL定位,以期发掘候选基因,为解析裂球时间的遗传机理奠定基础,为选育甘蓝耐裂球新品种提供理论依据与基因资源.利用甘蓝早裂球高代自交系274(P_1)与1个甘蓝晚裂球高代自交系279(P_2)杂交...
3. 结合QTL-seq和连锁分析发掘水稻中胚轴伸长相关QTL 4. 玉米产量相关性状Meta-QTL及候选基因分析 5. 利用4个姊妹近等基因系群体定位水稻粒重和粒形QTL 6. 基于单片段代换系的水稻粒型QTL加性及上位性效应分析 7. 基于染色体单片段代换系的水稻粒形QTL定位 8. 基于水稻QTL定位分析预测单穗粒重最优基...
作者以水稻生育期(days from sowing to heading,DTH)为例,通过实验展示了BSA-seq在QTL定位上的巨大潜力。 作者以一个长生育期和一个短生育期的水稻品种为亲本构建F3群体,采用双环境(两个不同地点和种植时间)、大群体(每个环境种植7200个F3植株)和大混池(每个DNA池包含大约500个个体)的试验设计进行BSA-seq,利用...
Hyper-seq原理示意图 遗传图谱与QTL定位 遗传图谱是通过估算位点之间的重组率来估测不同标记在染色体上的相对位置或线性排列。在动植物遗传育种中,基于高密度遗传图谱,通过连锁分析对数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)进行定位。QTL定位是基因定位最有效且最常用的方法之一,对于加速育种改良的进程具有重要的意义...
甘蓝型油菜黄籽性状遗传来源较为复杂且易受环境条件影响,基因定位和分子标记开发难度大.相比于传统QTL定位,结合二代深度测序等生信方法直接对甘蓝型油菜黄籽基因进行染色体定位,基因挖掘和标记开发,将有助于黄籽遗传机理的研究.利用甘蓝型油菜黄籽临保系63-2和黑籽67-1配制杂交组合,构建F 2粒色分离群体.遗传分析表...