QTL-seq目前已成功对油黄瓜开花性状、番茄果实重量、鹰嘴豆百粒重跟根性状、木豆枯萎病与不育花叶病抗性等研究定位。 微分基因采用QTL-seq方法进行目标性状定位,结合公司丰富的项目经验,专业的项目方案和分析流程,可有效找到候选基因并缩小目标基因范围。 今天有关QTL-seq的介绍就到这啦,如果您有QTL-seq的研究计划,...
conda install -c bioconda qtlseq 完事就安装完毕了,这个流程里面包含了BWA、samtools、BCFtools、Snpeff、Trimmomatic等软件,还有一些python依赖库用于绘图什么的,反正都可以用上面那个命令安装完。 使用命令很简单,就一行 qtlseq usage: qtlseq -r <FASTA> -p <BAM|FASTQ> -b1 <BAM|FASTQ> -b2 <BAM|FASTQ> ...
应用——QTG-Seq快速定位玉米株高QTL,qPH7 以玉米株高为模式性状展开QTG-seq研究:利用4代玉米群体材料,通过QTL-seq精细定位株高主效QTL,这与传统QTL精细定位用到许多代创制高世代回交群体明显不同。首先,利用株高差异明显的两个自交系HZS与1462,构建F2分离群体,个体株高变化范围为199cm~307 cm,呈超亲分离的现...
TECHNICAL ADVANCE/RESOURCEQTL-seq: rapid mapping of quantitative trait loci in rice bywhole genome resequencing of DNA from two bulkedpopulationsHiroki Takagi 1,2 , Akira Abe 2,3 , Kentaro Yoshida 1 , Shunichi Kosugi 1 , Satoshi Natsume 1 , Chikako Mitsuoka 1 , Aiko Uemura 1 ,Hiroe Ut...
本研究以肉质根大小和形状差异较大的亲本配制了F2分离群体,并对根形指数性状进行了QTL定位分析。结合最新的萝卜参考基因组,利用QTL-seq方法,分析获得了4个与肉质根根形指数相关的QTL位点,为萝卜肉质根根形指数性状进一步精细定位和候选基因挖掘克隆奠定了基础。 1 材料与方法 1.1 试验材料与性状统计分析利用肉质根根...
摘要:为了分析樱桃番茄‘VFNT Cherry’(syn. LA1221)和加工番茄‘Heinz1706’组配的 F1 代果实质量超亲杂种优势的遗传基础,利用其 F2 群体,通过 QTL-seq 和单标记分析法进行了果实质量 QTL定位,共检测到 10 个果实质量位点,其中 8 个位点的大果等位基因为显性,包括部分显性位点 5 个[QTL for Fruit Weight ...
dQTG.seq方法包含dQTG.seq1、dQTG.seq2、smoothLOD、C'、Δsnp index、ED六种计算方法。 其中dQTG-seq1方法利用F2群体极端池标记等位基因数目来预测其基因型数目,通过观测的标记等位基因数目和...
通过对双亲具有相同表型的分离群体的极端表型池进行QTL‑seq分析,并利用|Δ(SNP‑index)|的分布进行目标性状基因或主效QTL的定位预测,改变了常规QTL‑seq方法只能应用于双亲纯合且具有相对性状的分离群体的状况,使QTL‑seq方法能够应用于双亲具有相同性状的分离群体,极大地拓展了QTL‑seq方法的应用范围...
Hyper-seq原理示意图 遗传图谱与QTL定位 遗传图谱是通过估算位点之间的重组率来估测不同标记在染色体上的相对位置或线性排列。在动植物遗传育种中,基于高密度遗传图谱,通过连锁分析对数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)进行定位。QTL定位是基因定位最有效且最常用的方法之一,对于加速育种改良的进程具有重要的意义...
研究通过QTL定位和BSA-seq挖掘到控制莲花色的NnMYB5及其靶基因NnGST2,揭示了亚洲莲花瓣颜色形成的调控机制。研究通过红色和白色亚洲莲F2群体的QTL定位,明确了控制亚洲莲花瓣颜色分化的候选基因NnMYB5,并对213个莲种质资源进行基因分型发现包含NnMYB5基因的一个80 kb存在/缺失结构变异(PAV)与花瓣颜色关联。进一步,转...