CMplot(pig60K,plot.type="q",col=c("dodgerblue1","olivedrab3","darkgoldenrod1"),threshold=1e-6,ylab.pos=2,signal.pch=c(19,6,5),# shapeofsignificant points.signal.cex=1.2,signal.col="red",# the colorsofsignificant points conf.int=T,# whether to plot confidence interval onQQ-plot....
QQ-plot其实是Quantile-Quantile Plot的缩写,Quantile分位现在理解没有关系,看到最后你就会理解它的意思了。QQ-plot的目的是什么呢?是为了验证两组数据的分布是否相同或者相似,因此在实际中很多情况都会用到。为了讲清楚QQ-plot,我们先来介绍另外两种以图形的方式评价数据分布情况的方法:直方图(histogram)和 经验累积分布...
那么,两组值(取-log10)从小到大排列后绘制在散点图上,所有点应该位于45°对角线上——这与RNA-seq的重复性散点图是相似的。所以QQ plot的直观解读就是:判断图形中点的分布是否合理(是否位于对角线上),进而推断目前的统计模型获得的P 值是否符合期望值以及统计模型是否合理。 那么QQ-plot在GWAS分析结果中有什么...
在GWAS研究中,Manhattan plot和QQ plot是最常画的两类图,它们可以把跟研究的性状(比如,基因型和身高)显著相关的基因位点清晰地展现出来,不少读者朋友应该都懂得如何画这样的图,但我想应该不是每个人都能够真正知道其中所蕴含的道理。 Manhattan plot(曼哈顿图)比较简单,它是把GWAS分析之后所有SNP位点的p-value在整个...
所以，在分析GWAS时，我们如何确定找到的SNP位点是和我们关心的性状显著相关，而不是遗传漂变呢，从QQ-plot可以得到这一信息。Q-Q plot 即Quantile-Quantile Plot。它在各类研究中经常用到，主要是直观的表示观测值与预测值之间的差异。其中纵坐标为实际观测值P，以-log10(P)表示，横坐标为期望值，也...
QQ plot也就是Quantile-Quantile Plots。是通过比较两个概率分布的分位数对这两个概率分布进行比较的概率图方法。 其想法就是,如果现在有从某个类型的概率分布中抽取的N个数据,那么如果想确定这个概率分布是否接近normal distribution该怎么办呢? 一种做法就是先假设这些点是符合normal distribution的,那么现在取一个正...
在GWAS研究中,Manhattan plot和QQ plot是最常画的两类图,它们可以把跟研究的性状(比如,基因型和身高)显著相关的基因位点清晰地展现出来,不少读者朋友应该都懂得如何画这样的图,但我想应该不是每个人都能够真正知道其中所蕴含的道理。 Manhattan plot(曼哈顿图)比较简单,它是把GWAS分析之后所有SNP位点的p-value在整个...
会求分位数之后,我再讲讲如何画分位数-分位数图(qqplot).下面我以北太天元代码来给出步骤:x = randn(1000,1); % 这是我们的数据xx = sort(x) ; % 对x 进行排序m = length(xx); % 得到数据包含的样本点的个数alpha = ( double(1:m) - 0.5)/m ; % 两种定义都可以定义分位数的点alpha% ...
QQ plot 锤子 君子有终身之忧,无一朝之患2 人赞同了该文章 作用: 分析数据序列分布是否符合已知分布或两个序列分布是否相同的图形工具 将已知数据序列排序后计算每个数据的percent rank 根据要对比的分布,计算与已知数据percent rank对应的数值 将已知数据作为y轴;将对比分布根据计算percent rank得到的数值作为x轴 画...