我们在生物数据统计分析中,经常会听到p-value,adjusted p-value,q-value以及False discovery rate(FDR)。比如最常见实验组和对照组的差异基因表达分析,除了获得一个p值(p-value),通常而言还会得到一个adjusted p-value或者FDR(false discovery rate)。那么他们之间到底有什么关系,为什么已经有了一个p-value来指征显...
BH法有时也称fdr法,是我们最常用的多重假设检验校正方法,可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看...
总之，理解并正确使用这些指标，如p-value、adjusted p-value（q-value）和FDR，对于防止因多重检验导致的误导性结果至关重要。在进行大规模数据分析时，需要综合考虑这些指标，以确保科研结论的准确性和可靠性。
在调研文献时,看到了许多 FDR、 q-value 等指标,于是做了个小小的调研。关于假设检验的指标,脑海中第一反应便是p-value,众多科学家做统计的主要目标常常就是为了追逐一个小于 0.05 的 p 值。一般 p < 0.05 表示实验具有统计学差异,今天看到 q-value ,不太熟悉,学习并记录如下。 先简要谈谈 p-value ,用统...
⼀⽂了解P-value，多重⽐较，FDR和Qvalue的差别 ⾸先交代⼀下⽤来说明这⼏个统计量的例⼦。这⾥会使⽤基因表达作为⼀个例⼦。假设我们有两组细胞：对照组和处理组。我们正在研究基因 A 在处理的条件下是否受到表达或没有表达。每组我们有 12 个重复。我们通常做的是取每组 12 个重复的平均...
FDR,例如, m 个最重要的测试被定义为第 m 个最重要特征的 q 值。换句话说,特征的 q 值是包含该基因的最大列表的 FDR” 解读到这里,希望这篇文章能帮助你更好地理解 p 值、FDR 和 q 值。 文章整理翻译于该博客: https://divingintogeneticsandgenomics./post/understanding-p-value-multiple-comparisons-...
q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙?。 如何尽量减少统计检验次数 我们看到上面的校正方法多于统计检测次数有关,统计检测次数越多,校正也会越强烈。有没有合适的办法来规避一些无意义的统计检验呢?
FDR,例如, m 个最重要的测试被定义为第 m 个最重要特征的 q 值。换句话说,特征的 q 值是包含该基因的最大列表的 FDR” 解读到这里,希望这篇文章能帮助你更好地理解 p 值、FDR 和 q 值。 文章整理翻译于该博客: https://divingintogeneticsandgenomics./post/understanding-p-value-multiple-comparisons-...
FDR,例如, m 个最重要的测试被定义为第 m 个最重要特征的 q 值。换句话说,特征的 q 值是包含该基因的最大列表的 FDR” 解读到这里,希望这篇文章能帮助你更好地理解 p 值、FDR 和 q 值。 文章整理翻译于该博客: https://divingintogeneticsandgenomics.rbind.io/post/understanding-p-value-multiple-comp...
在调研文献时,看到了许多 FDR、 q-value 等指标,于是做了个小小的调研。关于假设检验的指标,脑海中第一反应便是p-value,众多科学家做统计的主要目标常常就是为了追逐一个小于 0.05 的 p 值。一般 p < 0.05 表示实验具有统计学差异,今天看到 q-value ,不太熟悉,学习并记录如下。