要将DICOM文件转换为NIfTI(.nii)文件,你可以使用Python中的几个库来完成这一任务。以下是一个详细的步骤指南,包括所需的库、代码示例以及验证步骤: 1. 查找并安装适当的Python库 你需要安装pydicom库来读取DICOM文件,以及nibabel库来写入NIfTI文件。如果希望使用更高级的功能,如批量处理,还可以考虑使用dicom2nifti或Si...
importpydicom# 读取DICOM文件dcm_file_path='path/to/your/file.dcm'dcm_data=pydicom.dcmread(dcm_file_path)# 打印文件中的元数据print("患者姓名:",dcm_data.PatientName)print("患者ID:",dcm_data.PatientID)print("图像标注:",dcm_data.get('RegionOfInterest','无标注')) 1. 2. 3. 4. 5. 6...
2. 读取nii文件 使用Pydicom读取nii文件的步骤如下: 导入Pydicom库 使用dicom.dcmread()函数加载nii文件 使用img.pixel_array属性获取图像数据 import pydicom 读取nii文件 img = pydicom.dcmread('path_to_your_file.nii') 获取图像数据 data = img.pixel_array 查看图像数据的形状 print(data.shape) 3. 保存...
使用radiomics等库对病理信息进行分析时,可能需要用到NRRD格式的原文件与NII格式的MASK掩膜文件,所以还需要掌握DCM转NRRD以及NRRD转NII的方法 DCM转NRRD可参考这位博主的博客:dcm图片到nrrd的格式转换(二维到三维) 核心代码如下 import SimpleITK as sitk import os def DCMtoNRRD(file_path): out_path = file_path...
files=os.listdir(data_path+'T1_MPRAGE_SAG_1_0ISO_IPAT2_0003/')#Get file list in this folderdata=[]data_all=[]forfileinfiles:data=pydicom.dcmread(data_path+'T1_MPRAGE_SAG_1_0ISO_IPAT2_0003/'+file)data_all.append(data.pixel_array)#Convert list to arrayt1_all=np.array(data_all...
有一个库叫做simpleitk，他提供函数可以直接读入nii文件然后可以存成dcm的格式。例如：img=sitk.ReadImge(”aa.nii”);sitk.WriteImge(img,filename);
dcm2niix 1.0.20181114 h6bb024c_1000 conda-forge decorator 4.4.2 py_0 - defusedxml 0.6.0 py_0 - docutils 0.16 py36_1 - dropbox 10.2.0 py36_0 - entrypoints 0.3 py36_0 - expat 2.2.9 he6710b0_2 - filechunkio 1.6 py36_0 bioconda filelock 3.0.12 py_0 - fontconfig...
‘a.dcm’) 1.2 mhd格式每个病人一个mhd文件和一个同名的raw文件的格式,mhd即meta header...mhd文件需要借助python的SimpleITK包来处理。...import Simple ITK as sitk itk_img = sitk.ReadImage(‘a.mhd’) img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img...NIfTI格式的nii数据同样可以用ITK-SNAP软件打开,...
该命令使用的文件类型为 mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。...export SUBJECTS_DIR= # SUBJECTS_DIR变量为存储数据的目录 $> recon-all -i sample-001.nii.gz...
采集到的dcm数据转换为nii格式,python源代码,直接可用 上传者:qq_44050612时间:2024-11-19 python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件实例 nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式,python中可用nibabel和sitk来读取保存。 使用nibabel 由于使用nibabel图像会旋转90度,所以读取保存的时候还得保存映射信息,3维图像格式为(z...