要将DCM文件转换为NII格式,你可以按照以下步骤进行操作。这些步骤包括安装必要的Python库、读取DCM文件、转换图像数据格式以及保存为NII格式。以下是详细的步骤和代码示例: 1. 安装必要的Python库 你需要安装pydicom和SimpleITK库。你可以使用pip进行安装: bash pip install pydicom SimpleITK 2. 使用pydicom库读取DCM文件...
python读取dcm和nii中的标注 Python读取DICOM和NIfTI文件中的标注 随着医学影像技术的发展,DICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine)和NIfTI(Neuroimaging Informatics Technology Initiative)格式的数据已经成为医学影像分析中的重要组成部分。这两种格式不仅能够存储影像信息,且通常会包含标注数据,这对于图像处理和...
2. 读取nii文件 使用Pydicom读取nii文件的步骤如下: 导入Pydicom库 使用dicom.dcmread()函数加载nii文件 使用img.pixel_array属性获取图像数据 import pydicom 读取nii文件 img = pydicom.dcmread('path_to_your_file.nii') 获取图像数据 data = img.pixel_array 查看图像数据的形状 print(data.shape) 3. 保存...
使用radiomics等库对病理信息进行分析时,可能需要用到NRRD格式的原文件与NII格式的MASK掩膜文件,所以还需要掌握DCM转NRRD以及NRRD转NII的方法 DCM转NRRD可参考这位博主的博客:dcm图片到nrrd的格式转换(二维到三维) 核心代码如下 import SimpleITK as sitk import os def DCMtoNRRD(file_path): out_path = file_path...
files=os.listdir(data_path+'T1_MPRAGE_SAG_1_0ISO_IPAT2_0003/')#Get file list in this folderdata=[]data_all=[]forfileinfiles:data=pydicom.dcmread(data_path+'T1_MPRAGE_SAG_1_0ISO_IPAT2_0003/'+file)data_all.append(data.pixel_array)#Convert list to arrayt1_all=np.array(data_all...
有一个库叫做simpleitk，他提供函数可以直接读入nii文件然后可以存成dcm的格式。例如：img=sitk.ReadImge(”aa.nii”);sitk.WriteImge(img,filename);
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df2.to_numpy() array([[1.0, Timestamp('2013-01-02 00:00:00'), 1.0, 3, 'test', 'foo'], [1.0, Timestamp('2013-01-02 00:00:00'), 1.0, 3, 'train', 'foo'], [1.0, Timestamp('2013-01-02 00:00:00'), 1.0, 3, 'test', 'foo'], [1.0, Timestamp('2013-01-02 00:...
mu.save_as("dicom.dcm") # creates image object img = mu.image # before v0.1.0 this was mu.image() # returns numpy array img.numpy # before v0.1.0 this was mu.numpy() # using Pillow, saves DICOM image img.save_as_pil("ex1.jpg") ...