要将DCM文件转换为NII格式,你可以按照以下步骤进行操作。这些步骤包括安装必要的Python库、读取DCM文件、转换图像数据格式以及保存为NII格式。以下是详细的步骤和代码示例: 1. 安装必要的Python库 你需要安装pydicom和SimpleITK库。你可以使用pip进行安装: bash pip install pydicom SimpleITK 2. 使用pydicom库读取DCM文件...
因为机器一般会直接输出DCM文件,为了方便处理(比如勾画MASK掩膜)我们才会将其转换为JPG然后再转换为DCM,所以我们一般会有原DCM文件,只要我们将原DCM文件里存储图像的数据部分修改为新的JPG图像数据再保存即可将JPG转换为DCM文件 可参考这位博主的博客:Python JPG图片转DCM 原博客未说清为何还需要一个DCM文件才能把JPG转...
files=os.listdir(data_path+'T1_MPRAGE_SAG_1_0ISO_IPAT2_0003/')#Get file list in this folderdata=[]data_all=[]forfileinfiles:data=pydicom.dcmread(data_path+'T1_MPRAGE_SAG_1_0ISO_IPAT2_0003/'+file)data_all.append(data.pixel_array)#Convert list to arrayt1_all=np.array(data_all...
python读取dcm和nii中的标注 Python读取DICOM和NIfTI文件中的标注 随着医学影像技术的发展,DICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine)和NIfTI(Neuroimaging Informatics Technology Initiative)格式的数据已经成为医学影像分析中的重要组成部分。这两种格式不仅能够存储影像信息,且通常会包含标注数据,这对于图像处理和...
2,利用dcm2nifti工具将dicom数据转为nifti 3d数据 3,利用spm进行3d转为4d <翠花上酸菜>: 处理nifti数据的工具很多,matlab\ITK\VTK\python. 我们使用python处理该类型的数据 开发工具 1,语言python2.7 2,python module: nipy scipy nibabel matplotlib
有一个库叫做simpleitk，他提供函数可以直接读入nii文件然后可以存成dcm的格式。例如：img=sitk.ReadImge(”aa.nii”);sitk.WriteImge(img,filename);
使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作 主要介绍了使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧 上传者:weixin_38606811时间:2020-09-16 采集到的dcm数据转换为nii格式,python源代码,直接可用 采集到的dcm数据转换为nii格式,python源代码,直接可用 ...
Python查看3Dnii文件 fromnibabel.viewersimportOrthoSlicer3Dfromnibabelimportnifti1importnibabel as nibfrommatplotlibimportpylab as pltimportmatplotlib#matplotlib.use('TkAgg')#需要查看的nii文件名文件名.nii或nii.gzfilename ='F:/BaiduNetdiskDownload/COVID-19CTSeg/0007686236.nii'img=nib.load(filename)#打印...
读取dicom的文件路径 path_save:保存nii的文件路径defdcm2nii(path_read,path_save):# from CSDN;function: transfer dcm_series into nii file# GetGDCMSeriesIDs读取序列号相同的dcm文件series_id=sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs(path_read)# GetGDCMSeriesFileNames读取序列号相同dcm文件的路径,series[...
将DICOM转换为NIfTI的流行工具是dicom2nii。 读取和写入nifti文件的python库是nibabel。 如果想将DICOM转换为Nifti,可以使用自动转换工具(例如dcm2nii)。 Python 2库“dcmstack”允许将一系列DICOM图像堆叠成多维数组。这些数组可以写为Nifti文件,带有可选的标题扩展名(DcmMeta扩展名),其中包含源DICOM文件中所有元数据的...