CPDB分析:input h5ad & meta! cpdb_file_path = './v5.0.0/cellphonedb.zip'meta_file_path = './meta_cpdb.txt'counts_file_path = './adata_cpdb.h5ad'out_path = './test2' from cellphonedb.src.core.methods import cpdb_st
CellPhoneDB单细胞互作分析（3）：结果可视化作图 CellPhoneDB单细胞互作分析（4）：受配体对结果提取及可...
一、需要输出日志的关键位置 1.1 关键业务逻辑执行的场景 当你的核心业务逻辑执行时，我们需要进行日志的输出，例如以下几个场景：用户订单创建用户支付用户取消订单用户注册其他 像这样的场景是用户操作的关键点，必须要作为输出内容。示例代码 # cellphone 做敏感化处理logger.info(f'用户 {user_id} 注册成功，手机...
pip install cellphonedb -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com 二、数据文件准备 一些分析用的依赖数据库及文件: #TF注释 #鼠的 wget https://resources.aertslab.org/cistarget/motif2tf/motifs-v9-nr.mgi-m0.001-o0.0.tbl #人的 wget https://resources.aertslab.org/ci...
细胞通讯工具CellphoneDB Python版的inferCNV 根据群众的呼声纳入大家想学的其他分析 如果不能纳入直播,会给大家提供齐全的学习资料!届时大家已经具备了自学能力,不一定需要直播讲解啦! 📷部分图表 (仅展示部分图表) 具体的图表数量再多也是有限的,我们更注重的是帮助你搞定基础、方法和规律,授人以渔~ ...
# 创建名为cellphonedb...的虚拟环境 conda create -n cellphonedb python=3.7 # 激活虚拟环境 conda activate cellphonedb # 在虚拟环境中下载软件 pip install...如果你确实觉得我的教程对你的科研课题有帮助,让你茅塞顿开,或者说你的课题大量使用我的技能,烦请日后在发表自己的成果的时候,加上一个简短的致谢...
as well, as github repositories. Also leave a star at thektplotspyand the originalktplotsrepositories! About Python library for plotting Cellphonedb results. Ported from ktplots R package. ktplotspy.readthedocs.io/ Resources Readme License ...
pip install cellphonedb -i http:///simple/ --trusted-host 1. 二、数据文件准备 一些分析用的依赖数据库及文件: #TF注释 #鼠的 wget https://resources.aertslab.org/cistarget/motif2tf/motifs-v9-nr.mgi-m0.001-o0.0.tbl #人的 wget https://resources.aertslab.org/cistarget/motif2tf/motifs-v9...
然后作者进行对不同的细胞亚类和不同进程的病人评估了hazard ratio。找到了与存活率有关的因素。 这一部分需要结合上面生存分析的继续研读。 接着作者做了细胞间通讯,主要使用软件cellphoneDB.
R tips:cellphonedb细胞通讯网络图优化 调整环形边的位置 使用公共数据集进行网络图绘制:https://github.com/elliefewings/cellphonedb_shiny/blob/master/example_cellphoneDB...igraph里面有很多的布局,查看layout的帮助文档就可以知道:?igraph::layout。...接着解决环形边的问题,可以看到上面图的自交互的环形边都是...