1,cellphonedb安装 考虑到不同的生信软件对于python 或者 R 的版本要求不一致,建议建立一个独立的python环境。官网https://github.com/ventolab/CellphoneDB介绍了conda 和 virtualenv 2种方式,这里使用conda的方式。 1) Create python=>3.6 environment 代码语言:
conda create-y-n cpdb python=3.9conda activate cpdb pip install cellphonedb pip install-Uipykernel 1.数据库下载: CellphoneDB 数据库地址:https://github.com/ventolab/CellphoneDB-data 这个也进行了迭代更新,下面是python代码下载方式: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 importpandasaspd...
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # bash安装,按照指引,都选yes,这样一些依赖的python包都安装了。 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 激活conda环境 source ~/.bashrc #设置镜像 conda config --add channels r conda config --add channels conda-forge ...
该软件包是python 的一个包和数据库,因此需要安装python 3.5以上版本,利用conda 安装即可。要使用最新版本,请重新安装cellphonedb并下载数据库: $pip install -U cellphonedb $cellphonedb database download 当然安装过程也不是一次完成的总是存在很多问题,大部分是python 版本和库的版本问题,报错了自己找一下最新...
单细胞数据,CCI细胞互作绝对算得上最fancy的一个板块了,大量研究表面,细胞间的相互作用决定了细胞的功能,从而与表型和疾病直接相关。 这是个prostate cancer的项目 用的小鼠数据,有single-KO,相当于早期的PC或者接近Normal,还有Triple-KO,相当于成熟态的PC,KO就是多少个抑癌基因的缺失。
本文主要是参考CellphoneDB的官方教程:Documentation — cellphonedb documentation 1. 安装 官方教程建议使用单独的环境安装CellphoneDB,我比较习惯用conda,所以先用conda安装CellphoneDB吧。 conda create -n cpdb python=3.8 source activate cpdb pip install cellphonedb 2. 下载数据库 from IPython.display import HT...
之前我们演示cpdb分析的时候侧重的是R分析seurat对象准备input data,小伙伴提到“我单细胞一开始就是用scanpy分析的,怎么进行CPDB分析呢?”,其实之前的cellphonedb V5教程里面我们已经提到了(单细胞通讯分析之Cellphonedbv5完整内容(视频教程))。然而我们前面的帖子也分享了h5ad转seurat的方式(玩转单细胞(16):Scanpy单...
之前我们演示cpdb分析的时候侧重的是R分析seurat对象准备input data,小伙伴提到“我单细胞一开始就是用scanpy分析的,怎么进行CPDB分析呢?”,其实之前的cellphonedb V5教程里面我们已经提到了。然而我们前面的帖子也分享了h5ad转seurat的方式(玩转单细胞(16):Scanpy单细胞h5ad数据转化为Seurat对象),以及seurat转h5ad的多...
首先我们看看cellphonedb V5有哪些新的内容。以下内容贴自cellphonedb官网,可自行查看。此外,官网也提供了详细的示例教程。 Novel features in v5 https://github.com/ventolab/CellphoneDB New python package that can be easily executed in Jupyter Notebook and Collabs. ...
接上一节(【视频教程】Cellphonedb v5更新:python版Scanpy单细胞分析后续之cpdb细胞通讯)。我们通过对cpdb结果的整合得到cpdb_pbmc_summary,这里我们对结果进行可视化,主要是弦图的可视化,看了一下,之前好像对于cpdb没有做过太多的弦图。为了方便,我们借助了R包和一些文章,然后进行了修改,包装为可视化函数,方便使用。完...