15号和16号字体是unicode的:Pymol> set label_font_id, 5字体大小,如果为正值,则单位就是正常的px。你也可以用负值,则单位是Å:Pymol> set label_size, -0.5Pymol> set label_size, 4设置label位置,用下列命令可以设置label离默认位置的三维偏移值,在需要给spheres加标签的时候有用:Pymol> set label_...
set cartoon_smooth_loops = on 其它Cartoon的显示样式大家可以逐一尝试,了解不同模式下Cartoon结构的显示样式。 此外,默认情况下在不同二级结构间的连接处会有颜色过渡; 如果要取消该过渡,可输入以下命令: set cartoon_discrete_colors = on 类似的,也可对Cartoon以外的如Stick的显示样式进行更改。 05 设置自定义的...
开关单双键模式 valence set valence,1 开启双键模式。 set valence,0 关闭双键模式。 示例打开PyMOL fetch BUH bg_clor white set valence,1 set valence,0 效果如下: Fig 1. 双键模式 Fig 2. 普通模式开启球棍模型ball-stick set stick_ball,1 set stick_ball_ratio,1.7 as stick 效果如下图所示:...
set_color color10, [255,0,0]
set label_size,28 设置字体大小 set stick_radius=0.10设置sticks的粗细 set sphere_scale,0.28 设置原子大小 如何除去cartoon上的绿色部分? 首先选择这个残基,然后hide main chain ,再调为atom模式,选择backbone上的CA原子,选择color灰色,就可以了。 显示氢键 ...
字体大小 ? Pymol set label_size, -0.5 #正值单位为px,负值单位为? Pymol set label_size, 4 ? label位置 ? Pymol set label_position, (x,y,z) 41 PyMOL应用实例 ?Cartoon及表面显示 1. Load the PDB file ? File - Open - 1w2i.pdb 2. Hide everything and then show protein cartoon ?
set dash_gap, 0.5set dash_radius, 0.1before the ‘ray’ command.Gareth Stockwell· Adjusting size of selection indicatorsAdjusting size of selection indicatorsTry:set selection_width, 6set selection_width, 7Warren L. DeLanoAdjusting ray trace-image sizeThe pymol ray tracer can generate an image ...
will be able to generate the following figures:You can download the files for the tutorials here Files included:1w2i.pdb - crystal structure of PH acylphosphatase (PDB: 1W2I) (2fofc.map.xplor - electron density map from CNS/XPLOR (The map file name should include the .xplor extension)
Pymol> set label_size, 4 位置，⽤下列命令可以设置label离默认位置的三维偏移值，在需要给spheres加标签的时候有⽤：设置label位置 Pymol> set label_position, (x,y,z)最后说说怎样⽤单个字母标注氨基酸 ⽤单个字母标注氨基酸。⾸先在$HOME/.pymolrc中加⼊：# start $HOME/.pymolrc modification ...
15号和16号字体是unicode的: pymol set label 29、_font_id, 5 字体大小,如果为正值,则单位就是正常的px。你也可以用负值,则单位是: pymol set label_size, -0.5pymol set label_size, 4 设置label位置,用下列命令可以设置label离默认位置的三维偏移值,在需要给spheres加标签的时候有用: pymol set ...