碰巧最近改进了一个 PyMOL 脚本(GetBox),因其可以输出用于大部分分子对接软件的命令行参数,可辅助通用分子对接。这里基于此总结一下命令行式分子对接的流程(DS 等在图形界面中对接的软件不做介绍)。所涉及的软件包括 AutoDock,AutoDock Vina,DSDP,LeDock 等。 基本流程:受体/配体准备,对接区域和参数设定,运行对接,...
pymol显示结合口袋的方法是：打开PyMOL->Plugin->(Plugin Manager)->Install (New) Plugin->找到GetBox Plugin.py安装->重启PyMOL->安装成功。PyMOL的Plugin工具栏会多出一个菜单项GetBox Plugin，有三个子菜单，分别为：Advanced usage、Autodetect box、Get box from selection (sele)。此处可见，...
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git clone https://github.com/MengwuXiao/GetBox-PyMOL-Plugin.git 或者,你也可以直接下载ZIP文件并解压。 解压下载的插件文件到合适的目录: 将下载的插件文件解压到你选择的目录。通常,这个目录可以是PyMOL的插件目录,但具体路径可能因PyMOL的安装方式和操作系统而异。 打开PyMOL软件: 启动PyMOL软件,准备安装...
1. Autodetect box: Fetch the box with one click of mouse or use the codeautobox 5.0 2. Get box from selection (sele)Select ligands or residues, then click the menu or use the codegetbox (sele), 5.0 3. Advanced usagesUsing cmd mode with more flexibility ...
PyMOL的Plu接啊gin工具栏会多出一个菜单项GetBox Plugin,有三个子菜单,分别为:Advanced usa笑混ge、Autodetect box、Get box from selection (sele)。 此处可见,α-葡萄糖苷酶有两个相同的活性位点,分别有两个二糖。选中配体分子()后,点击Get bo织输劳活场凯稳红x from selection (sele),出现对接口袋的信...
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pymol怎么看结合能 pymol显示结合口袋的方法是:打开PyMOL->Plugin->(Plugin Manager)->Install (New) Plugin->找念州蠢到GetBox Plugin.py安装->重启PyMOL->安装成功。PyMOL的Plugin工具栏会多出一个菜单项GetBox Plugin,有三个子菜单,分别为:Advanced usage、Autodetec