现有工具(如PyMOL的GetBox插件)常因无法自适应蛋白结构而需手动调整参数,操作繁琐且难以标准化;而坐标信息精确描述分子三维构象,是计算相互作用能及分析结合模式的基础,直接影响对接结果的解释与优化。 使用Vina批量对接时,通过自带的的对接盒子坐标设置通常较为繁琐。常使用PyMol软件寻找某个蛋白质的对接盒子的坐标后,...
首先,我们需要通过PyMOL中的Plugin manager导入GetBox源码。导入完成后,就可以开始使用这款强大的插件了。 以示例蛋白2OJG为例,我们首先使用fetch 2ojg命令导入蛋白结构。接着,选中小分子部分,点击GetBox插件中的“Get Box from selection (sele)”功能,即可得到对应的docking box设置参数。 GetBox插件不仅提供了Auto...
打开PyMOL,选择Plugin -> Plugin Manager。 在插件管理器中,选择Install New Plugin选项卡。 找到并安装GetBox插件。 重启PyMOL后,在插件工具栏中找到GetBox Plugin,并使用其提供的选项来显示结合口袋。 通过这些步骤,你应该能够在PyMOL中清晰地显示和分析目标分子的结合口袋。
基于以上原理和方法,用PyMOL Script编了一个PyMOL的插件——GetBox Plugin,可以输出LeDock和Autodock Vina的盒子信息。首先介绍安装方法(图 3):打开PyMOL->Plugin->(Plugin Manager)->Install (New) Plugin->找到GetBox Plugin.py安装->重启PyMOL->安装成功,PyMOL的Plugin工具栏会多出一个菜单项Get...
我们利用这一插件对最常用的α-葡萄糖苷酶进行分析。此处可见，α-葡萄糖苷酶有两个相同的活性位点，分别有两个二糖。选中配体分子（）后，点击Get box from selection (sele)，出现对接口袋的信息。也可以自动检测对接口袋，点击Autodetect box。与上述不同的是，两个二糖在同一个对接口袋中。
Configure the mouse for editing (Mouse menu) or click in the mouse/key matrix box.Select “auto-sculpting” from the Sculpting menu.Select Sculpting from the Wizard menu.Ctrl-middle-click on any atom in your protein to activate sculptingthe green part will be free to movethe cyan part will...
在这里,我们利用这一插件对最常用的α-葡萄糖苷酶进行分析。 1. 下载pdb fetch 4j5t 此处可见,α-葡萄糖苷酶有两个相同的活性位点,分别有两个二糖。 选中配体分子()后,点击Get box from selection (sele),出现对接口袋的信息。 ***AutoDock Grid Option*** npts 53 45 45 #...
基于以上原理和方法,用PyMOL Script编了一个PyMOL的插件——GetBox Plugin,可以输出LeDock和Autodock Vina的盒子信息。首先介绍安装方法(图 3):打开PyMOL->Plugin->(Plugin Manager)->Install (New) Plugin->找到GetBox Plugin.py安装->重启PyMOL->安装成功,PyMOL的Plugin工具栏会多出一个菜单项GetBox Plugin...