PyMOL三大插件,科研神器! 1. CAVER Plugin 🔍 功能:CAVER 插件是探索蛋白质分子内部通道和孔道的强大工具。这些通道是配体、离子或水分子在蛋白质中移动的路径。通过 CAVER,用户可以直观地分析这些通道的几何形状、位置和动态变化,从而深入了解分子内部的相互作用。 2. Align (SuperPose/align) Plugin 🆔 功能:Al...
在PyMOL命令行中输入以下命令来启动CaverPyMol并进行分析: run /path/to/caver_pymol_plugin.py caver protein.pdb 这些命令将启动CaverPyMol,并加载你要分析的蛋白质结构文件(protein.pdb)。 🌈 示例分析 以下是一个使用CaverPyMol插件进行通道分析的示例: run /path/to/caver_pymol_plugin.py fetch 1HVR ...
Pymol安装Caver3报错 技术标签: 生物信息 pycharm tensorflow pythonPlugin“Caver3”has been installed but initialization failed /Unable to initialize plugin ‘Caver3’ (pmg_tk.startup.Caver3). 解决: PyMOL>import pmg_tk.startup.Caver3 Traceback (most recent call last): File "D:\ProgramData\...
pymol 里安装caver 3.0以后，点击caver 3.0以后出现 module 'collections' has no attribute 'Call...
CAVER是捷克研究者开发的一款用于研究底物/产物通道的软件,可以分析和可视化蛋白质结构中的通道。其开发出了对应的PyMOL插件--Caver,可以识别从特定位点到蛋白表面的可能通道,对药物设计和分子酶学研究具有重要意义。最新版的Caver 3还可用于动态结构中通道的快速、准确和全自动计算,也就是说可以用于分子动力学过程的通...
14.Pymol基础操作(7)蛋白通道分析插件CAVER的安装 10:47 15.Pymol基础操作(8)蛋白通道分析 10:34 16.Pymol基础操作(9)单点饱和突变 10:48 17.Pymol基础操作(10)绘制蛋白截面 10:36 10:47 14.Pymol基础操作(7)蛋白通道分析插件CAVER的安装 中科科翼 932 0 ...
14.Pymol基础操作(7)蛋白通道分析插件CAVER的安装 10:47 15.Pymol基础操作(8)蛋白通道分析 10:34 16.Pymol基础操作(9)单点饱和突变 10:48 17.Pymol基础操作(10)绘制蛋白截面 10:36 10:34 15.Pymol基础操作(8)蛋白通道分析 中科科翼 640 0 ...
CAVER [5, 6] performscalculations of substrate pathways and entrance tunnels inprotein structures which are visualized in PyMOL. CASTp[7, 8, 9] detects pockets and voids in protein structures todetermine and characterize binding sites, and eMovie [10]provides a number of functionalities to ...
14 changes: 10 additions & 4 deletions 14 plugins/Caver2_1_2.py Original file line numberDiff line numberDiff line change @@ -10,13 +10,16 @@ from __future__ import division from __future__ import generators import os, math, platform import os import math import platform import...
CAVER: a new tool to explore routes from protein clefts, pockets and cavities The fully functional program is available as a stand-alone version and as plug-in for the molecular modeling program PyMol. Additionally, selected ... M Pet?Ek,M Otyepka,Pavel Baná,... - 《Bmc Bioinformatics...