#生成pdb文件 b_factors = np.arange(len(xyz)) to_pdb(xyz,b_factors) 我们让b-factors为一个简单的 0-729的数列。 接下来就可以直接用Pymol打开生成的文件,并用上文提到的“color by b-factors”功能为其上色。就得到了文章开头的效果。 另外,形状和b-factor我们都可以发挥创意,做成任意的效果。 如下...
选择by ss 代表按照氨基酸的二级结构进行颜色分布,可以选择螺旋(Helix)、片(sheet)、环(Loop)的不同颜色展示效果。 选择spectrum -> b-factors可以设置按照 b-factor进行颜色分布。(b-factors,B因子也叫温度因子, B因子体现了晶体中原子电子密度的”模糊度”(diffusion),B因子越高, “模糊度”越大, 相应部位的...
将处理好的PDB导入PyMoL,设置spectrum为b-factor,如下图所示: 根据b-factor设置颜色 此时的蛋白质结构: 使用脚本调整一下颜色的范围(这些颜色名称在Color栏中都可以找到) spectrum b, blue cyan yellow tv_orange orange tv_red red
将处理好的PDB导入PyMoL,设置spectrum为b-factor,如下图所示：此时的蛋白质结构：使用脚本调整一下颜色的范围（这些颜色名称在Color栏中都可以找到）
点击A->preset->b-factor putty 基于bfactor数值显示蛋白的柔性 点击A->preset->publication 高质量出版标准 第四部分 Action->generate 操作 显示蛋白的静电势图 Action->generate->vacuum_electrostatics->protein contact potential 就可以了 对象的Label操作 ...
putty (7) (b-factor scaling) dash (8) (new in PyMOL 1.8.2) 在命令行窗口输入下面的命令对各种模式进行感受。 cartoonloopcartoon tube cartoon putty 11.2 cartoon helix 模式 在cartoon automatic 模式下 pymol 中内置了3种cartoon helix模式:
按b-factor大小显示的cartoon cartoon putty, a// 07 图片导出 低分辨率ray 高分辨率ray 2000, 2000 超高分辨率ray 5000, 5000 更改默认大小[pts] viewport 640, 480 图像阴影控制set ray_shadow, 0 图像雾化控制set ray_trace_fog, 0 图像景深效果控制set depth_cue, 0 ...
对Pocket对象进行复制，重命名后展示其表面，PyMol的着色选项丰富多样，如原子类型、二级结构、b-factor，甚至整体着色，背景颜色也可自定义。添加标签，例如4HBK中的TYR48、LYS77和HIS110，或为1w22的锌离子添加标签并调整位置。在1hkv中，精细调整配体的位置，测量TYR48和LYS77间的距离，进行氨基酸残基...
PyMol提供多种着色方案，通过点击对象上的“C”按钮，可以设置颜色，以增强视觉效果。背景颜色同样重要，通常设置为白色，以提高图像的清晰度。利用“b-factor-value”图，可以直观地展示分子的动态特性。对象的“Label”操作允许添加或移动标签，提高分析的精确度。调整配体与蛋白质的相对位置，以及测量距离...
| ('+' >> factor [_val=_1])| ('-' >> factor [_val=-_1])概述 PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放...