将处理好的PDB导入PyMoL,设置spectrum为b-factor,如下图所示：此时的蛋白质结构：使用脚本调整一下颜色的范围（这些颜色名称在Color栏中都可以找到）
将处理好的PDB导入PyMoL,设置spectrum为b-factor,如下图所示: 根据b-factor设置颜色 此时的蛋白质结构: 使用脚本调整一下颜色的范围(这些颜色名称在Color栏中都可以找到) spectrum b, blue cyan yellow tv_orange orange tv_red red
using boost::spirit::qi::double_;using boost::spirit::qi::_1;expression = term [_val=_1]term = factor [_val=_1]>> *( ('*' >> factor [_val=_val*_1])| '(' >> expression [_val=_1] >> ')'| ('+' >> factor [_val=_1])| ('-' >> factor [_val=-_1...
点击A->preset->b-factor putty 基于bfactor数值显示蛋白的柔性 点击A->preset->publication 高质量出版标准 第二部分 对象的操作 删除水分子 A->remove waters 该操作属于红色警告操作,不可逆操作。删除水分子后,无法通过Ctrl-Z进行撤销。 增加删除氢原子 ...
由于本人的课题是研究蛋白热稳定性,筛到几个好的突变体,老板让分析一下,让看看突变体的B-factor,hydrogen bone,charge-charge,范德华力和野生态有什么区别,最后得出规律,由于对Pymol这个软件还是新手,看了一些教程,但是没有这方面的,不知道有没有师兄师姐做这方面,指导一下,这些参数在Pymol中怎么得到,另外,在Py...
想知道楼主这种B-factor分析图用pymol怎么做的呀？
对Pocket对象进行复制，重命名后展示其表面，PyMol的着色选项丰富多样，如原子类型、二级结构、b-factor，甚至整体着色，背景颜色也可自定义。添加标签，例如4HBK中的TYR48、LYS77和HIS110，或为1w22的锌离子添加标签并调整位置。在1hkv中，精细调整配体的位置，测量TYR48和LYS77间的距离，进行氨基酸残基...
PyMol提供多种着色方案，通过点击对象上的“C”按钮，可以设置颜色，以增强视觉效果。背景颜色同样重要，通常设置为白色，以提高图像的清晰度。利用“b-factor-value”图，可以直观地展示分子的动态特性。对象的“Label”操作允许添加或移动标签，提高分析的精确度。调整配体与蛋白质的相对位置，以及测量距离...
PyMOL用户指南目录一、 鼠标操作入门 4(这个数字是超链接,ctrl+左键)1. 启动41) 通过鼠标42) 通过命令行42. PyMOL窗口41) Virewer窗口42) 外部GUI窗口53. 下载PDB文件54. 操控视图61) 基本鼠标控制62) 虚拟滚动球
Pymol> select chain b and (not resi 88) 在使用多重逻辑选择时,为了让Pymol正确处理顺序,请使用括号,这样最里层括号里面的内容将会被最先处理,以此类推。 好了,目标选择就先说到这里。其实关于目标选择还有所谓的“宏”可以用,可以简化表达式,准备下次说说。