选择residue(一个字母)选项以仅显示一个字母和residue的位置。 这就是您标记的对接蛋白质的外观。 您可以看到标签是如何位于residue的顶部,并且真的很难理解或弄清楚这些residue是什么。不用担心。 只需单击鼠标 → 双键编辑,然后按Ctrl+拖动 (Windows) / Cmd+拖动 (Mac)您制作的残留标签,将它们放在适当的位置。
我们前面对接的结果文件,result.pdbqt,我们同样用OpenBabel这个软件转换成pdb格式。 我们用pymol打开result.pdb文件,在右下角处Selecting 处点击切换到Chains,然后选中蛋白质,在左上角sele处选择A,然后选择rename selection,然后在左上角的窗口处会弹出一行,在:后面输入名称。我这里是protein。或者通过命令set_name sele...
1.3 基于Z-dock的蛋白互作分子对接 网址:https://zdock.umassmed.edu/ 上传PDB结构文件,填写邮箱,提交任务。一般将较大的蛋白作为受体,提交为Protein1。收到的结果链接,下载Top10 predictions,解压获得10个相互作用的PDB结构文件。Output文件为打分结果,分数越高越好。 2.PyMOL可视化 教程网址:http://pymol.chenzh...
对接结果分析及PyMOL可视化教程(二)#蛋白互作 第二节 对接可视化 1、打开PyMOL软件,File-open-打开上面导出的pdbqt文件(图1) 2、选中大分子蛋白点击右下角S,然后点击Selecting后面的红色文字,使其显示为 - Ai蛋白互作科研助手于20240903发布在抖音,已经收获了22个
Pymol分子对接可视化基础课程如何在蛋白质数据库下载大分子PDB文件如何利用Pymol展示蛋白质不同结构和颜色如何保存并导出高分辨率分子对接可视化图片, 视频播放量 512、弹幕量 0、点赞数 4、投硬币枚数 0、收藏人数 18、转发人数 0, 视频作者 茶树在山上, 作者简介 分享科研
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催更版本-利用pymol分析蛋白互作结果, 视频播放量 2848、弹幕量 4、点赞数 162、投硬币枚数 108、收藏人数 440、转发人数 38, 视频作者 特大柚子皮, 作者简介 ,相关视频:如何用pymol做出可发表级别的相互作用图,PYMOL可视化蛋白质-蛋白质分子对接,【科研绘图】pymol作图
它专注于蛋白质 - 蛋白质对接任务,能够依据输入的蛋白质结构数据,通过先进算法预测蛋白质之间的相互作用模式与结合构象。其在药物研发领域作用显著,可助力筛选潜在药物靶点,评估药物与靶蛋白结合效果。在结构生物学研究里,它帮助科学家深入探究蛋白质复合物的形成机制,为理解生命过程中蛋白质间的协同作用提供关键信息,...
2.蛋白质-蛋白质对接模型:如果你使用了在线对接软件(如ZDOCK或等)进行蛋白质-蛋白质对接,那么对接的结果可以通过PyMOL进行可视化。你可以在PyMOL中打开对接结果的PDB文件,然后查看对接模型的具体细节,包括配体和受体之间的接触面、相互作用类型等。 3.交互作用距离和角度:通过PyMOL,你可以测量蛋白质之间相互作用的各种...
169 0 04:31 App PyMOL_蛋白小分子氢键 2.5万 5 05:04 App PYMOL可视化蛋白质-蛋白质分子对接 3016 0 02:06 App F26-3 如何用Pymol软件对蛋白表面处理?【零基础,半天学会中药复方网络药理学与分子对接】 2.9万 6 07:17 App e嘉医 | AutoDock 分子对接:【16】Pymol结果可视化 4.9万 13 14:09 App...