选择residue(一个字母)选项以仅显示一个字母和residue的位置。 这就是您标记的对接蛋白质的外观。 您可以看到标签是如何位于residue的顶部,并且真的很难理解或弄清楚这些residue是什么。不用担心。 只需单击鼠标 → 双键编辑,然后按Ctrl+拖动 (Windows) / Cmd+拖动 (Mac)您制作的残留标签,将它们放在适当的位置。
我们前面对接的结果文件,result.pdbqt,我们同样用OpenBabel这个软件转换成pdb格式。 我们用pymol打开result.pdb文件,在右下角处Selecting 处点击切换到Chains,然后选中蛋白质,在左上角sele处选择A,然后选择rename selection,然后在左上角的窗口处会弹出一行,在:后面输入名称。我这里是protein。或者通过命令set_name sele...
1.3 基于Z-dock的蛋白互作分子对接 网址:https://zdock.umassmed.edu/ 上传PDB结构文件,填写邮箱,提交任务。一般将较大的蛋白作为受体,提交为Protein1。收到的结果链接,下载Top10 predictions,解压获得10个相互作用的PDB结构文件。Output文件为打分结果,分数越高越好。 2.PyMOL可视化 教程网址:http://pymol.chenzh...
PyMOL对接可视化,超简单! 📖 准备对接结果pdb文件 🔍 找到小分子作用位点 🎯 选择小分子并执行操作 🖼️ 显示蛋白质的骨架结构 🔍 定位成键位置并隐藏蛋白质骨架 🎨 改变残基颜色并标记 🎨 调整蛋白质颜色 📏 计算氢键并显示测量结果 🌬️ 设置背景颜色为白色 🌫️ 设置卡通模型的透明度为60...
它专注于蛋白质 - 蛋白质对接任务,能够依据输入的蛋白质结构数据,通过先进算法预测蛋白质之间的相互作用模式与结合构象。其在药物研发领域作用显著,可助力筛选潜在药物靶点,评估药物与靶蛋白结合效果。在结构生物学研究里,它帮助科学家深入探究蛋白质复合物的形成机制,为理解生命过程中蛋白质间的协同作用提供关键信息,...
我们前面对接的结果文件,result.pdbqt,我们同样用OpenBabel这个软件转换成pdb格式。 我们用pymol打开result.pdb文件,在右下角处Selecting 处点击切换到Chains,然后选中蛋白质,在左上角sele处选择A,然后选择rename selection,然后在左上角的窗口处会弹出一行,在:后面输入名称。我这里是protein。或者通过命令set_name sele...
PyMOL可视化 1、打开PyMOL软件，File-open-打开上面导出的pdbqt文件 2、将大分子蛋白重命名 ·点击右下角S ·点击右下角S上面Selecting后红色文字（此时显示Residues），点击后会变为Chains ·点击界面中蛋白质任意位置(有可能需要点两次，直至全部蛋白质链被覆盖)，蛋白质表面出现许多红色点 ·点击右侧（sele）后面...
🔬 PyMol是一款强大的分子可视化软件,主要用于创作高品质的小分子和生物大分子(如蛋白质)的三维结构图像。🌀 在PyMol中,你可以进行结构比对、光线追踪,并探测静电力学、测距等。此外,它还具备动画制作功能,让你的研究更加生动有趣。🌫️ 想要给结构图像增添点神秘感?试试PyMol的雾化处理吧!在Display菜单下...
2.蛋白质-蛋白质对接模型:如果你使用了在线对接软件(如ZDOCK或等)进行蛋白质-蛋白质对接,那么对接的结果可以通过PyMOL进行可视化。你可以在PyMOL中打开对接结果的PDB文件,然后查看对接模型的具体细节,包括配体和受体之间的接触面、相互作用类型等。 3.交互作用距离和角度:通过PyMOL,你可以测量蛋白质之间相互作用的各种...
教你如何用Pymol查看AF3的输出结果!在分子生物学和结构生物学研究中,AlphaFold3(AF3)已经成为预测蛋白质结构的重要工具。AF3生成的结构文件通常以PDB格式保存,这些文件需要通过专业的可视化软件进行查看和分析。PyMOL作为一款强大且广泛使用的分子可视化工具,能够帮助