purge_dupspipeline.png purge_dups软件的工作流程如上图分为三部分:1.首先将用于组装的三代测序数据比对到primary-assembly以计算基因组各部分覆盖度;2.primary-assembly自身的比对;3.将前两部分信息整合来推断出primary-assembly里的haplotigs和overlaps. 软件安装 purge_dups软件主页:https://github.com/dfguan/pur...
1.下载安装 cd ~/software/Purge_Dups git clone https://github.com/dfguan/purge_dups.git cd purge_dups/src && make 依赖软件 #kma git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/kma.git cd kma && make #minimap2-三代比对 wget https://github.com/lh3/minimap2/releases/download/v2.26/...
purge_dups分为三个部分,第一部分是将序列回贴到基因组并分析覆盖度确定阈值,第二部分是将组装自我比对,第三部分是利用前两部分得到的信息鉴定到原来序列中的haplotigs和overlaps. image 软件安装 尽管可以通过runner来进行程序调用,但是我更喜欢自己写脚本,因此不安装python3和runner purge_dups是用C语言编写,因此需...
purge_dups分为三个部分,第一部分是将序列回贴到基因组并分析覆盖度确定阈值,第二部分是将组装自我比对,第三部分是利用前两部分得到的信息鉴定到原来序列中的haplotigs和overlaps. 分析流程 软件安装 尽管可以通过runner来进行程序调用,但是我更喜欢自己写脚本,因此不安装python3和runner purge_dups是用C语言编写,因此...