最后,我们使用论文中报告的每代突变率 -u 和以年为单位的世代时间 -g 绘制 PSMC 图。因为论文没有给出他们如何绘制绘图的确切参数,所以这可能看起来与图有点不同,但它会非常接近。 $PSMC_HOME/utils/psmc_plot.pl -u 3.83e-08 -g 31 -p P964_plot P964.psmc发布于 2023-10-17 23:50・重庆
cat sample1.psmc sample2.psmc sample3.psmc > combine.psmcpsmc_plot.pl -u mutation_rate -g generation -M 'sample1,sample2,sample3' combine_plot combine.psmc -u 一般根据文献来看用什么,不过突变率一般哺乳动物不会相差很大,-g时代间隔就是从个体出生到他的孩子出生的时间,可以根据经验定...
第一步是质控，用FastQC看看数据质量，有没有接头污染、低质量碱基。处理完的干净数据得比对到参考基因组上，常用BWA的mem算法，命令大概是bwamem -t 8参考基因组.fasta样本_R1.fq样本_R2.fq>比对结果.sam。这里-t是线程数，根据电脑配置调。比对结果是SAM格式，得转成BAM格式方便后续处理，用samtoolsview -bS...
perl psmc_plot.pl -u 8e-9 -g 0.25 ZJ combined.psmc输出文件名为ZJ,-u是物种的群体突变率,可以用近缘物种(查文献),该命令输出文件非pdf格式,需要pdf格式需添加一个参数-d,但需要先安装epstopd 半翅目物种可参考https://doi.org/10.1016/j.ibmb.2022.103890所有样本.eps ...
pl -u 2e-09 -g 1 out_plot output.psmc #-u 物种碱基替换速率 #-g 生活史中的世代时间,比如人设为为25,一年生草本设置为1,世代设置越长,估计的有效群体越大。 ##10 结果展示 将会生成一个.eps文件,用AI或PS打开即可。 原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。 如有侵权,请...
作图时g,u的设置可参考相关文献。 合并作图 #按顺序合并catA.psmc B.psmc > combined.psmc#-M设置与顺序对应$psmc/utils/psmc_plot.pl -X 10000000 -Y 25 -g$generation-u$mutation_rate-M"A,B"-p combined combined.psmc
Thick orange lines, medians of the inferred histories of the stairway plot; thin orange lines, 2.5 and 97.5 percentiles of the inferred histories of the stairway plot. N is the number of simulated sequences, L is the length of the simulated sequences, r is the recombination rate per site...
If you know the fraction of hets missed due to low coverage, you can generate the PSMC plot with: psmc_plot.pl -M "sample1=0.1,sample2=0.2" prefix sample1.psmc sample2.psmc This says that sample1 has 10% false negative rate (FNR) on hets and sample2 has 20%. The plotting ...
utils/psmc_plot.pl diploid diploid.psmc where `diploid.fq.gz' is typically the whole-genome diploid consensus sequence of one human individual, which can be generated by, for example: samtools mpileup -C50 -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -c - \ ...
PSMC内置了画图脚本psmc_plot.pl 其中两个最关键的参数是-u指定该物种的突变率,-g指定该物种繁殖一代的时间,单位为年,比如人默认为25年,黄瓜、西瓜等认为是1年。 -p指定输出pdf格式(Fig 8)。 Fig 9 当然除了PSMC软件,近些年也开发出了更多的用来推断种群历史动态/有效群体大小的软件,可能会在后续的文献分享...