而MSMC就必须依赖于phased的基因型数据。如果数据phased的不准确,则会导致MSMC结果的准确性大打折扣。 MSMC的以上不足,更新的一款软件MSC++得到了很大改进。MSC++分析的总体思路和MSMC类似,也是可以整合多个样本进行Ne估测。但通过算法的改进,MSC++的优点体现在: 1)可拓展性 运算效率高,可以一次分析多个样本,突破...
现在出现了更好的算法,能用多个样本估计一个群体的历史群体大小:MSMC详情可见此链接 @PSMC软件分析群体历史有效群体大小流程 首先是软件下载,需要用到PSMC和samtool PSMC下载地址 1、文件转换 基因组文件格式为.bam,callsnp之后,再转换为.fq.gz格式,关于callSNP博客写的比较明确,我们在此只展示bwt之后已经生成bam...
PSMC,MSMC,SMC++的区别 杨康chin关注赞赏支持 杨康chin关注IP属地: 伊利诺伊州 0.1232022.01.14 20:40:15字数 27阅读 1,259 image.png SMC++用SFS来加权的 https://www.nature.com/articles/ng.3748/figures/14 ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 ...
population size and separation history using the Pairwise Sequentially Markovian Coalescent (PSMC) and Multiple Sequentially Markovian Coalescent (MSMC) models... S Song,E Sliwerska,S Emery,... - 《Genetics》 被引量: 17发表: 2016年 Population size may shape the accumulation of functional mutatio...
© 2013 Microchip Technology Inc. DS41671A_CNPSMC 设计器用户指南DS41671A_CN 第2 页 © 2013 Microchip Technology Inc.提供本文档的中文版本仅..