NCBI推出blastp加速服务(Accelerated protein-protein BLAST) 很多时候会用到NCBI在线blastp的nr库,随着nr库越来越大,速度也越来越慢。这不在今年5月份的时候推出了blastp加速工具。使用非常简单,blastp页面中在Program Selection一项中选择Quick BLASTP(见下图)。现在已经是默认选项。... ...
里面所含有的分析包括Singular Enrichment Analysis (SEA)、 PAGE (Parametric Analysis of Gene set Enrichment)、 BLAST4ID (Transfer IDs by BLAST) 、SEACOMPARE (Cross comparison of SEA)等 四、共表达分析coexpression 我们在这里选择的共表达分析的软件是Expression Angler Expression Angler 在这里我们将所分析...
Protein BLAST: search protein databases using a protein queryMiniprojectMy Publications
BLAST1is widely used in molecular biology to search for nucleotide and protein sequences. Three decades after BLAST was introduced, there were major breakthroughs in structure prediction, and tools such as RoseTTAFold2and AlphaFold3emerged. Consequently, every protein sequence in the major sequence da...
第一部分BLAST Assembled Genomes就是让你选择你要比对的物种,点击相应物种之后即可进入比对页面。 第二部分Basic BLAST包含了5个常用的BLAST,每一个都附有简短的介绍。 第三部分Specialized BLAST是一些特殊目的的BLAST,如IgBLAST、SNP等等,这个...
BLAST可以在网上找到,它实际上是一个针对不同目的的不同工具的集合。例如,蛋白质blast将氨基酸查询序列与蛋白质序列数据库进行比较,而blastn将核酸序列与DNA/RNA数据库进行比较。 BLAST是一种局部对准工具。它不是通过整体比较一个序列,而是通过识别短匹配,也称为“高评分片段对”(HSPs)来检测同源序列,。一个HSP由...
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等 最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用 BLAST进行序列比对……,这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自 己使用NCBI的一些经历(经验)跟大家交流一下BCBI的使用。希望...
'BLAST 2 Sequences', a new BLAST-based tool for aligning two protein or nucleotide sequences, is described. While the standard BLAST program is widely used to search for homologous sequences in nucleotide and protein databases, one often needs to compare only two sequences that are already kn...
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直向同源物(使用Blast)例如: Blast可以用来发现特定于脑膜炎奈瑟氏球菌与其他密切相关的奈瑟氏球菌物具有高度的同源性。 调控蛋白(使用P2RP)例如: P2RP(预测的原核调节蛋白)可以用来确定蛋白质是一种调节蛋白。 P2RP是一种基于网络的框架,用于鉴定和分析原核生物基因组中的调节蛋白。