2024年9月初,来自浙江大学的Jingxuan Ge等人在Nucleic Acids Research上展示了在线数据库PROTAC-DB 3.0的更新内容。 PROTAC-DB 3.0的更新内容概览 [访问链接:http://cadd.zju.edu.cn/protacdb/] 与在前两个版本(PROTAC-DB 1.0和2.0)中收集数据的方法一致,...
PROTAC-DB 3.0较上一版数据库更新近一倍数据 基于分子相似性的搜索和排序 根据文献发表日期进行搜索结果排序 总结 参考资料 蛋白水解靶向嵌合体(Proteolysis-targeting chimera,PROTAC)是一种利用泛素-蛋白酶体系统靶向蛋白质降解的新兴治疗技术。然而,这一技术仍处于待成熟阶段,PROTAC分子的理性设计仍然是一个巨大的挑...
目前PROTAC的设计仍然是一个巨大的挑战,为了对PROTACs进行合理设计,本文提出了一个基于Web的开放式数据库PROTAC-DB,它集成了PROTACs的结构信息和实验数据。目前,PROTAC-DB已经囊括了1662个PROTAC、202个弹头(靶向目标蛋白质的小分子)、65个E3配体(能够招募E3连接酶的小分子)和806个Linker以及它们的化学结构、生物活性...
近日，浙江大学药学院侯廷军教授课题组在 Nucleic Acids Research 期刊发表了题为：PROTAC-DB 2.0: an updated database of PROTACs 的论文，对初代PROTAC-DB做出了重大更新。PROTAC-DB始建于2020年，是首个PROTAC在线数据平台，囊括了化学结构、生物活性、理化性质在内的多种数据，现已成为PROTAC领域的重要数据...
数据库的查询和浏览 为了方便对PROTAC-DB中的数据进行检索,作者提供了检索和浏览工具。在检索工具上,PROTAC-DB可以进行基于文本的检索和基于结构的检索。基于文本的搜索是在整个PROTAC-DB中进行搜索的一种简单方式,只需输入单个术语,如目标名称、化合物名称或ID。对于基于结构的搜索,用户可以在ChemDoodle编辑器中输入...
2022年10月,浙江大学药学院侯廷军教授课题组在国际生物医药重要期刊《Nucleic Acids Research》上发表了论文“PROTAC-DB 2.0: an updated database of PROTACs”,对初代PROTAC-DB做出了重大更新。PROTAC-DB始建于2020年,是首个PROTAC在线...
此外,连接体与PROTAC的熵、选择性、活性、水溶性、渗透性等有关。为了促进PROTAC的合理设计,浙江大学侯廷军教授课题组开发了PROTAC-DB数据库,对PROTAC的实验数据和结构信息进行了收集和注释,相关成果于近日发表在影响因子近12分的《Nucleic Acids Research》上,大家可以通过登陆网址http://cadd.zju.edu.cn/protac...
数据收集与处理 图1显示了PROTAC-DB的基本数据收集与处理阶段。应用计算机检索PubMed数据库中的PROTAC信息,检索词为“degrader* OR protac OR proteolysis targeting chimera”。收集有关小分子PROTACs的文献,排除多肽基PROTACs和HaloTag PROTACs的文献。随后,从文献中手工提取了PROTACs的化学结构和生物活性,生物活性包括...