蛋白质整体丰度和上样量之间的关系 在相对定量蛋白质组学中,研究人员主要关注蛋白质的相对丰度变化而不是精确的绝对量。在相关研究中,我们常常会认为蛋白质的上样量(也称为加载量)与其在质谱中的检测灵敏度和整体丰度之间可能存在正相关关系,但这…阅读全文 赞同1 添加评论 分享收藏 蛋白组学
给药浓度条件;②采用标准、稳定的工业化步骤进行蛋白质组学样品前处理;③采用高端质谱仪器,搭配最佳的采集模式进行样本检测;④根据TPD药物项目特点及原始数据,设计特定的分析参数进行数据分析,绘制图像;⑤有效分析、解读数据结果,并结合不同TPD药物特点及相关的生物学实验结果等,为药物开发提供有效的证据、结论。
在PROTAC这一新兴药物策略中,精确评估蛋白降解效力是连接“结构”与“功能”的关键环节。MRM靶向定量蛋白质组学凭借其卓越的灵敏度、通量与重现性,正在成为药效评估和候选分子筛选的标准工具。百泰派克生物科技拥有成熟的MRM定量平台和丰富的PROTAC项目经验,能够为您提供从肽段筛选、方法开发到样本检测的“一站式”定制...
通过蛋白质组学在全蛋白质组水平上评估了 AK-1690 的降解选择性图 5。在 5 μM 浓度处理 18 小时后,AK-1690 在检测到的 6,000 种蛋白质中,仅四种蛋白质的水平降低了 ≥50%。STAT6蛋白水平降低了 79%,而 EPB41L1(红细胞膜蛋白...
最近，分子胶领域发生了两起引人注目的交易。默沙东与Proxygen宣布将合作开发最高价值5亿美元的分子胶药物，而Incyte与Biotheryx也宣布将携手投入超过5亿美元的合作。这些合作旨在通过整合尖端基因组学、蛋白质组学和生化技术，打造高度通用的分子胶降解剂发现引擎，有望为分子胶类药物的发现过程带来革命性的变革。展望...
此时进行的另一个可选实验是蛋白质组学表征PROTAC治疗诱导的效应。例如,质谱或反相蛋白质阵列可使用户获得PROTAC的选择性数据。定量蛋白质组学是一种功能强大的工具,可以识别除PROTAC处理后下调的目标蛋白以外的其他蛋白。当然,这可能是靶蛋白丢失的生物学结果,例如BRD4降解时c-Myc丢失(Lu等,2015;Winter等,2015),...
化学与蛋白质，交织成一场未完的梦。化学蛋白质组学，如同探路者的灯火，在未知的夜行船上，首批药物，它们是希望的种子，在临床的土地上悄悄发芽。药物候选分子，它们的复杂性如同深海中的珊瑚，每一次的选择，都是对深渊的挑战。我们寻求的，不仅仅是一个目标，而是万千生命的光明。而这个行业，如同一场长久的...
图1 UPS介导的蛋白质降解 近年来,UPS诱导蛋白质降解取得了巨大进展,特别是Crews团队2001年提出的蛋白质水解靶向嵌合体(PROTAC)技术。在此项研究中,卵假散囊菌素与磷酸肽IκBα连接,IκBα可以识别并与E3连接酶复合物SCFβ-TRCP相互作...
为了探索PROTAC JYQ-194对PARK7的降解选择性，通过将A549细胞与5μM JYQ194以及5μMJYQ-173和DMSO作为对照一起孵育8小时，进行了基于TMT的定量总蛋白质组分析（图6A）。在样品中鉴定了超过6,000个蛋白质（补充数据S4）。JYQ- 194诱导PARK7的降解。JYQ-173没有改变PARK7蛋白水平（图6B）。蛋白质组学数据还...
图12. 蛋白降解机制研究实验 为了探究PROTAC62蛋白质组范围内的降解选择性,作者对化合物62进行了基于全局串联质谱标签TMT定量蛋白分析的蛋白质组学研究,实验结果表明化合物62不能降解其他靶点蛋白,具有较好的靶点选择性(图13)。 图13.化合物62的蛋白质组学研究 ...