2024年9月初,来自浙江大学的Jingxuan Ge等人在Nucleic Acids Research上展示了在线数据库PROTAC-DB 3.0的更新内容。 PROTAC-DB 3.0的更新内容概览 [访问链接:http://cadd.zju.edu.cn/protacdb/] 与在前两个版本(PROTAC-DB 1.0和2.0)中收集数据的方法一致,...
GtoPdb、PubChem和ChEMBL等综合性数据库收集了一些PROTAC的信息,但其中的数量和实验信息相当有限。因此,本文介绍了一个新开发的数据库PROTAC-DB,它具有一个用户友好的网络界面。这是第一个收集包括化学结构、生物活性和理化性质的PROTAC各种相关信息的在线数据库。此外,PROTAC的三个区域:弹头、E3配体和Linker方便了...
近年,人工智能辅助药物设计(AIDD)加速了包括PROTAC降解剂在内的药物开发,而药物分子数据库在AIDD中发挥着关键作用。 2024年9月初,来自浙江大学的Jingxuan Ge等人在 Nucleic Acids Research 上展示了在线数据库PROTAC-DB 3.0的更新内容。 PROTAC-DB 1.0 2.0 3.0的数据统计;3.0版本相比于2.0版本,还新增了部分PROTAC...
近日，浙江大学药学院侯廷军教授课题组在 Nucleic Acids Research 期刊发表了题为：PROTAC-DB 2.0: an updated database of PROTACs 的论文，对初代PROTAC-DB做出了重大更新。PROTAC-DB始建于2020年，是首个PROTAC在线数据平台，囊括了化学结构、生物活性、理化性质在内的多种数据，现已成为PROTAC领域的重要数据...
今天讲一篇浙江大学侯廷军教授团队发表在Nucleic Acids Research期刊上的关于PROTAC在线数据库的文章,文章提名为PROTAC-DB: an online database of PROTACs。PROTAC这项技术仍日趋成熟,但PROTAC的设计仍然是一个巨大的挑战。为了促进PROTAC的合理设计,文章提出PROTAC-DB,这是一个基于Web的开放访问数据库,它集成了PROT...
PROTAC-DB始建于2020年,是首个PROTAC在线数据平台,囊括了化学结构、生物活性、理化性质在内的多种数据,现已成为PROTAC领域的重要数据资源。该平台在发表之初,便受到了PROTAC创始人Crews教授的推荐,并多次被Nature Reviews Drug Discovery、Chemical Society Reviews等国际权威期刊正面引用和介绍,现平台访问量已突破75,...
因此,在2.0版本中,作者利用自主开发的PROTAC-Model建模方法为活性较好的PROTAC分子构建了相应的三元复合物计算模型,辅助研究者进行基于结构的PROTAC理性设计。最后,PROTAC 2.0进一步优化了交互界面,为用户带来了更友好的使用体验。所有数据均可通过http://cadd.zju.edu.cn/protacdb/进行访问。 数据库截图(来源:Nuclei...
图1显示了PROTAC-DB的基本数据收集与处理阶段。应用计算机检索PubMed数据库中的PROTAC信息,检索词为“degrader* OR protac OR proteolysis targeting chimera”。收集有关小分子PROTACs的文献,排除多肽基PROTACs和HaloTag PROTACs的文献。随后,从文献中手工提取了PROTACs的化学结构和生物活性,生物活性包括降解能力、结合亲...
浙江大学药学院侯廷军课题组在Nucleic Acids Research报道了蛋白降解靶向嵌合体数据库PROTAC-DB 2.0 蛋白降解靶向嵌合体(Proteolytic targeting chimera,PROTAC)是一种新兴的药物治疗手段,其可介导靶蛋白和E3泛素连接酶间的相互作用,并通过泛素-...
根据PROTAC 的在线数据库(PROTAC-DB)显示,目前已经开发了2258 个 PROTAC,以针对 124 个不同的 POI。这些分子由 275 个 POI 结合配体与 68 个 E3 连接酶配体连接而成(图 1B)。在 124 个 POI 中,研究最多的靶标是:雌激素受体 (ER)、雄激素受体 (AR)、BTK、ALK、BCR-ABL 和 BRD4,基于这一系列靶标...