命令行输入prefetch SRRxxxxxx或者prefetch SRPxxxxx即可下载,下载数据在上面配置路径下的sra目录。如果想下载到指定文件夹prefetch_dir,下载命令为:prefetch SRRxxxxxx -O prefetch_dir注意:该命令不仅可以输入SRRxxxxxx,对于SRPxxxxxx,SRXxxxxxx也是可以的(会下载该ID包含的所有SRR文件)。 下载成功之后会得到SRRxxxx/的...
以下载SRR1145747为例: 从NCBI上安装SRA toolkit,解压缩后移到个人文件夹,打开终端输入: sratoolkit.2.11.0-mac64/bin/./prefetch SRR1145747 注意版本要根据下载的版本来。输入后有可能会出现这样的错误: Th…
abi-dump.3abi-dump.3.0.7abi-load abi-load.3abi-load.3.0.7align-info align-info.3align-info.3.0.7bam-load 002、准备下载sra号的列表 [root@pc1 test02]# ls download.list [root@pc1 test02]# cat download.list## 准备下载列表SRR3156163 SRR3157034 SRR3156160 003、设置下载存储目录 export HO...
2022-01-13T09:51:34 prefetch.2.11.2: Continue download of 'SRR1379628' from 86590 下载多个 新建文件:blood_exo_heath_list.txt ERR1736309 ERR1736310 ERR1736311 ERR1736312 ERR1736313 ERR1736314 ERR1736315 ERR1736316 执行 prefetch --option-file blood_exo_heath_list.txt 成功! 更新:并行加速 ...
prefetch SRR6232298 结果如下: 注意:如果安装了Aspera,prefetch会优先用ascp协议下载 2018-10-16T01:43:06 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp... 而SRA文件会默认下载在~/ncbi/public/sra 目录下 prefetch命令下载多个SRA文件: 1. 从NCBI网站下载SRA accession no.的列表文件 比如,这是一个Bioproject的相关...
prefetch SRR8956151 -O ./ # 批量 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt -O ./ 1. 2. 3. 4. 5. SRR_Acc_List.txt文件的寻找也比较麻烦: prefetch会自动调用aspera的ascp。 下载的速度还是很快的,一个文件一分钟左右: 虽然prefetch会自动调用ascp,但由于网速等原因,有时也会出现timeout,特别是大文...
2019-10-03T05:23:25 prefetch.2.9.2: 1) failed to download SRR5908780 但实际上,我把这个网址输入到浏览器,是可以下载的: https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra51/SRR/005770/SRR5908780 速度也还行: 不能理解为什么使用命令行就下载失败!
42prefetch.2.3.5:Using'/home/kelly/.aspera/connect/bin/ascp'2019-06-16T0154:prefetch..5err:error unexpectedwhileresolving tree within virtual file system module-failed to resolve accession'SRR925811'-Obsolete software.See https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Obsolete-software(406)Redirected!!!
Hello, I am trying to download only some runs from PRJNA688881 with the following command: .\prefetch --output-directory healthy_sra -p -H 5 SRR13336836 SRR13336835 SRR13336834 SRR13336833 SRR13336832 SRR13336830 SRR13336829 SRR13336831 ...
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-win64.zip 安装,解压即可 配置 添加环境变量 Path 代码解析 bin\prefetch.exe 序列号 bin\prefetch.exe 1. 2. bin\prefetch.exe --option-file C:\SRR_Acc_List.txt 1....