命令行输入prefetch SRRxxxxxx或者prefetch SRPxxxxx即可下载,下载数据在上面配置路径下的sra目录。如果想下载到指定文件夹prefetch_dir,下载命令为:prefetch SRRxxxxxx -O prefetch_dir注意:该命令不仅可以输入SRRxxxxxx,对于SRPxxxxxx,SRXxxxxxx也是可以的(会下载该ID包含的所有SRR文件)。 下载成功之后会得到SRRxxxx/的...
在sratoolkit.3.1.1-win64\bin文件夹下创建sratest文件夹，放入6个SRA格式测试文件即可，其是基于Linu...
修业/Bioinformatics/Bio-Data/Database/NCBI/SRA/SRA-Toolkit/使用prefetch从SRA下载测序数据.md · BioX-Lab/BIClass.biox - Gitee.com #NCBI #HTS #SRA #prefetch
此参数用于显示正在使用的sratoolkit版本信息。 使用示例: prefetch-v X, --qual 此参数用于获取测序数据的质量分数信息。 使用示例: prefetch-X<accession_number> -ascp-path 此参数用于指定高速下载工具ASCP(Aspera)的路径。 使用示例: prefetch--ascp-path<path_to_ascp> -ascp-options 此参数用于指定使用ASCP...
prefetch命令下载一个SRA文件: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 prefetch SRR6232298 结果如下: 注意:如果安装了Aspera,prefetch会优先用ascp协议下载 2018-10-16T01:43:06 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp... 而SRA文件会默认下载在~/ncbi/public/sra 目录下 prefetch命令下载多个SRA文...
linux 中 prefetch命令批量下载sra测序数据 001、 prefetch的安装 a、现在 NCBI官网:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ b、 c、 d、 e、 解压、找到可执行程序 [root@pc1 software02]# ls sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz## 解压[root@pc1 software02]# tar-xzvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux...
下载sra数据库文件不仅仅是prefetch那么简单了 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $cat logs/down.log.4$cat need.sra.list|whileread id;do(~/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin/prefetch $id-O./);done2019-10-03T02:25:45prefetch.2.9.2:1)Downloading'SRR...
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-win64.zip 安装,解压即可 配置 添加环境变量 Path 代码解析 bin\prefetch.exe 序列号 bin\prefetch.exe 1. 2. bin\prefetch.exe --option-file C:\SRR_Acc_List.txt
Hello, I am trying to download only some runs from PRJNA688881 with the following command: .\prefetch --output-directory healthy_sra -p -H 5 SRR13336836 SRR13336835 SRR13336834 SRR13336833 SRR13336832 SRR13336830 SRR13336829 SRR13336831 ...
2019-10-04T01:42:40 prefetch.2.9.2: Downloading via https... 2019-10-04T01:44:38 prefetch.2.9.2: vdbcache was downloaded successfully 得到的文件如下: 3.8G Oct 4 09:41 SRR5908780.sra 3.7G Oct 3 10:51 SRR5908829.sra 3.5G Oct 3 11:14 SRR5908833.sra...