2. aspera不能再独立使用 aspera下载速度很快,网上很多教程统统用不了,原因就是ncbi的ftp中的sra/sra-instant已经移除了。所以,当你看到类似的教程:ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l 200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR...
服务器在中国大陆,基本上就放弃prefetch啦,直接aspera即可。但是如果是在海外,就可以尝试比较prefetch和aspera下载速度。 需要注意的是:什么,SRA测序数据要收费了,同样的,需要熟悉GEO和SRA数据库编号规则: 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够 获得文献里面的数据集里面的样本的数据库里面的ID列表,但是ncbi的sratoolkit...
2. aspera不能再独立使用 aspera下载速度很快,网上很多教程统统用不了,原因就是ncbi的ftp中的sra/sra-instant已经移除了。所以,当你看到类似的教程: ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l 200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-...
此参数用于指定高速下载工具ASCP(Aspera)的路径。 使用示例: prefetch--ascp-path<path_to_ascp> -ascp-options 此参数用于指定使用ASCP下载时的附加选项。 使用示例: prefetch--ascp-options"<options>" -use-ftp 此参数用于强制使用FTP下载测序数据。 使用示例: prefetch--use-ftp<accession_number> -https 此参...
第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载,推荐sratoolkit的prefetch功能。尽量不要用wget或curl下载,速度慢,且有时下载不完全 Y大宽 2018/09/10 5K0 Aspera下载SRA文件 filelisttxt 很多时候需要同时下载多个SRA文件,ascp命令提供参数--file-list,用于批量下载SRA文件。 戈贝尔光和热 2018/12/27 2.3...
本节简单介绍Aspera安装和使用,并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的方法,通过比较发现aspera的下载速度与prefetch相比有了质的飞跃 前言: 我们下载测序数据一般使用sra-tools的prefetch功能,通过SRR号从NCBI的SRA数据库下载SRA文件,这种方式比较稳定,但下载速度有所限制且需要将SRA再转化为FASTQ文件,这过程中又会消耗...
conda install-c hcc aspera-cli #可指定版本 conda install-c hcc aspera-cli=3.7.7 4. prefetch下载方法 安装好以后,直接用prefetch下载单个sra文件,或者下载文件列表。最好指定下载目录,prefetch默认下载在home/user/ncbi/public/sra中(会自动新建),home目录空间太小,不建议。
prefetch-vSRR925811Maximum file size download limit is20,971,520KB2019-06-16T01:54:42prefetch.2.3.5:Using'ascp'2019-06-16T01:54:42prefetch.2.3.5:Using'/home/kelly/.aspera/connect/bin/ascp'20190616T0154prefetch.err:error unexpectedwhileresolving tree within virtual file system module-failed to...
运行 AI代码解释 $cat logs/down.log.4$cat need.sra.list|whileread id;do(~/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin/prefetch $id-O./);done2019-10-03T02:25:45prefetch.2.9.2:1)Downloading'SRR5908780'...2019-10-03T02:25:45prefetch.2.9.2:Downloading via https...2019-10...
Prefetch miss file by aspera, test it on different computer and network. Downloading by prefetch 2.8.2 and ascp 3.5 is fine on my old server. sra-tools(2.10.0) and aspera-cli v2.9.1(aspera-connect v2.9.6 also test) were installed by conda. prefetch can download sra files in https ...