最好指定下载目录,prefetch默认下载在home/user/ncbi/public/sra中(会自动新建),home目录空间太小,不建议。 #单个sraprefetch SRR8956151 -O ./# 批量prefetch --option-fileSRR_Acc_List.txt -O ./ SRR_Acc_List.txt文件的寻找也比较麻烦: prefetch会自动调用asper
如果你的服务器在中国大陆,基本上就放弃prefetch啦,直接aspera即可。但是如果是在海外,就可以尝试比较prefetch和aspera下载速度。 需要注意的是:什么,SRA测序数据要收费了,同样的,需要熟悉GEO和SRA数据库编号规则: 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 获得文献里面的数据集里面的样本的数据...
aspera下载速度很快,网上很多教程统统用不了,原因就是ncbi的ftp中的sra/sra-instant已经移除了。所以,当你看到类似的教程: ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l 200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/S...
SRA Toolkit - prefetch 快速下载NCBI SRA数据Aspera - 概述七月:手把手教会高速下载SRA数据 编辑于 2022-01-18 13:23 生物信息学 赞同1415 条评论 分享喜欢收藏申请转载 写下你的评论... 15 条评论 默认 最新 玉清 请问显示了Current preference is set to retrieve SRA ...
以下载SRR1145747为例: 从NCBI上安装SRA toolkit,解压缩后移到个人文件夹,打开终端输入: sratoolkit.2.11.0-mac64/bin/./prefetch SRR1145747 注意版本要根据下载的版本来。输入后有可能会出现这样的错误: Th…
RNA-seq(2)-1:原始数据下载的几种方法 其他 第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载,推荐sratoolkit的prefetch功能。尽量不要用wget或curl下载,速度慢,且有时下载不完全 Y大宽 2018/09/10 5.1K0 Aspera下载SRA文件 filelisttxt 很多时候需要同时下载多个SRA文件,ascp命令提供参数--file-list,用于批...
此参数用于获取测序数据的质量分数信息。 使用示例: prefetch-X<accession_number> -ascp-path 此参数用于指定高速下载工具ASCP(Aspera)的路径。 使用示例: prefetch--ascp-path<path_to_ascp> -ascp-options 此参数用于指定使用ASCP下载时的附加选项。 使用示例: prefetch--ascp-options"<options>" -use-ftp 此参...
5请问一下prefetch下载的问题sratoolkit 2.10.5和aspera 3.9.1都安装好了，但是用prefetch SRRxxx 没...
我们下载测序数据一般使用sra-tools的prefetch功能,通过SRR号从NCBI的SRA数据库下载SRA文件,这种方式比较稳定,但下载速度有所限制且需要将SRA再转化为FASTQ文件,这过程中又会消耗不少时间和算力。 一种替代方法是使用Aspera软件,从EBI(European Bioinformatics Institute)的ENA(European Nucleotide Archive)数据库直接下载FAST...
通过aspera高速下载 SRA,EBI等数据库的数据 见网页这个作者的博客http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/171, 亲测可用,按照要求安装即可,prefect自动调用 aspera来下载数据,非常方便。