点击View按钮,可以查看具体的互作证据(文献来源)。 在Switch View中切换到Network,可显示PPI网络,不过无法存储为矢量,更建议大家下载数据,使用Cytoscape自行绘图,更详细内容可戳往期教程。 数据库链接:https://thebiogrid.org/ 教程链接:《分享一个基因蛋白互作数据库》 5. HINT HINT中的数据来自8个互作资源数据库(...
转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络，比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等，但是使用最多的还是蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network），而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见。STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Ret...
对于一个包含许多节点的蛋白质相互网络,还可以通过Cluster页面来挖掘其中的子网sub network, 或者也可以称之为module, 本质上是对基因进行聚类,属于同一类的基因所构成的相互作用网络就是一个module, 示意如下 支持kmeans和MCL聚类,聚类的结果为TSV格式,从中可以看出哪些基因属于同一类。 STRING数据库提供了下载功能,由...
转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络,比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等,但是使用最多的还是蛋白质互作网络(protein protein interaction network,PPI network),而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见。 STRING数据库简介 STRING(Search Tool for the Retrie...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(proteinprotein interaction network,PPInetwork)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能...
蛋白互作网络(protein protein interaction network,PPI network)分析有助于从系统的角度研 究疾病分子机制、发现新药靶点等等。今天小编介绍为大家一个常用的PPI数据库——STRING 数据库。STRING数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数 据库可应用于2031个物种,包含960万种蛋白和1380万中...
上述的网络我们就称之为蛋白质相互作用网络,protein-protein interaction network, 即PPI网络。要看懂上面这张图,需要理解以下两个方面 1. 节点(node) 图中每个节点表示一个蛋白,由于真核生物的可变剪切和转录后修饰,1个蛋白编码基因可能会产生多个蛋白,这里将由同一个基因产生的不同isoform进行了合并,在节点上标记...
String数据库是一个可以用来检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库。除了可以对这些蛋白生成精美的蛋白质-蛋白质-互相作用(PPI)图,还提供了输入蛋白的的分析,包括常见的功能富集分析(GO、KEGG),参考出版物等。 String数据库主要包含以下功能: Network
3、string数据库提供了八种显示方式，显示灰色的则是不适合我们输入的数据去显示。①网络（Network）：以...