它收集了多个公共数据库,包括UniProt、KEGG、NCBI和Gene Ontology等,整合了这些数据并生成一个全面的蛋白质相互作用网络数据库。 STRING数据库不仅提供了蛋白质相互作用网络的可视化,还能够提供蛋白质家族、途径和亚细胞定位等信息。 除此之外,STRING数据库还提供了一些分析工具,如聚类分析和GO富集分析等,帮助用户更好地...
计算机预测方法则基于已知蛋白质结构和序列信息,通过算法判断蛋白质之间是否可能相互作用。STRING数据库整合了多种实验和计算方法生成的PPI数据,提供了更全面的PPI网络信息。 PPI网络分析通常包括网络图的构建和网络特性的分析。网络图由节点和边组成,其中节点代表蛋白质,边表示蛋白质之间的相互作用。网络构建可以基于已知...
随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、靶向调节等,最终阐述生物体中有意义的分子调节网络。 相关文献来源图片,STRING的蛋白质相互作用网络 目前,STRING数据库收录了超过50...
转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络，比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等，但是使用最多的还是蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network），而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见。STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Ret...
蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理...
用户可以通过STRING数据库官方网站进行访问，输入蛋白质或基因名称以检索与之相关的蛋白质相互作用网络。对于单个蛋白质，数据库生成包含所有相互作用蛋白质的网络图；而输入多个蛋白质时，仅显示这些蛋白质之间的相互作用，适用于差异基因分析。搜索完成，用户获得蛋白质相互作用网络图，其中节点代表蛋白质，连线...
String数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于2031个物种,包含960万种蛋白和1380万中蛋白质之间的相互作用。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。
从GEO数据库中获得骨关节炎滑膜数据。采用单样本基因集富集分析(ssGSEA)和GSEA分别分析免疫浸润和巨噬细胞相关生物学通路的差异。利用蛋白质相互作用(PPI)网络分析和机器学习建立巨噬细胞相关基因诊断标记(MAGDS)。RT-qPCR检测小鼠模型中关键MAGs的表达。构建ceRNA调控网络。
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在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...