纳米孔RNA直接测序技术分析polyA尾不需进行PCR，流程如图5所示，将3’端接头连接至mRNA（含polyA），逆转录（可选操作）后连接至3’端测序接头（与动力蛋白连接），随后被加载到纳米孔形成的流动池，施加电压后，在动力蛋白驱动下，RNA由3’端至5’端通过纳米孔，根据特异性电流信号分辨碱基序列。
研究人员开发增强型直接 RNA 测序(eDRS),利用 sDTW(a subsequence Dynamic Time Warping approach)和检测 PolyA 尾巴的算法,发现绝大多数 mRNA-1273 疫苗分子 3'末端具有特殊序列结构:mψCmψAG,然而,还存在大概 20%的 mRNA-1273 疫苗分子 3'末端缺乏 mψCmψAG 序列。此外,mRNA-1273 疫苗分子的 PolyA 长度...
全长转录组应用系列一:可变polyA检测 全长转录组(Iso-Seq)是指利用三代单分子实时测序技术(SMRT),无需对RNA进行打断和拼接,即可直接获得完整的全长转录本。由于该方法可以获得全长转录本,因此与二代短序列测序技术的RNA-seq对比,侧重于转录本结构的分析,能够准确识别转录本同源异构体(isoform)、可变剪切、可变polyA...
最后,可以对富集的PolyA RNA进行下游实验,如逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)或RNA测序等。 第二种方法是利用磁珠的亲和性。在这种方法中,磁珠表面修饰有特定的亲和配体,如oligo(dT)或亲和标签。RNA样品与修饰的磁珠进行孵育,使PolyA RNA与磁珠上的亲和配体结合。然后,通过磁力分离的方法将富集的PolyA RNA与其他RNA分子...
US2020325532A1 POLYA TAIL LENGTH ANALYSIS OF RNA BY MASS SPECTROMETRY Salles et al., PCR Methods Appl. 4: 317-321 (1995); Meijer et al., Nucleic Acids Res. 35: e132 (2007); Murray & Schoenberg, Methods EnzymoL 448: 483-504 (2008); Janicke et al., RNA 18: 1289-1295 (2012); ...
PolyA法转录组测序数据分析报告模板
它不仅可以通过尾巴长度调控表达,还可以通过内部或者末端的非A残基影响翻译过程,甚至可能还扮演着超出时空的额外调控角色。随着Direct RNA测序等测序技术的发展,我们得以更深入地研究Poly(A)尾的表观遗传调控机制,这对于生命科学与技术的进一步发展具有重要意义。
3′UTR是一种非常重要的调节元件, microRNA(miRNA)通过与该区域的结合沉默mRNA表达。有研究显示,在快速增殖的细胞中,mRNA展现出较短的3′UTR序列,这一变化能够减少miRNA结合位点,促使蛋白表达提高。此外,通过减少3′UTR序列内的非结构化序列可促进poly(A)尾与翻译元件的结合,提高蛋白翻译效率。最后一点,UTR发挥的...
话说这个TAIL-seq起初就是为了研究mRNA后面的polyA有多长以及有什么分布特点而建立的,具体原理就是将总RNA在3' 连接上生物所标记的adapter,之后做逆转录等一系列建库流程,随后测序分析polyA信息的技术(图1)。 图1来源:sciencedirect.com/scien 在将TAIL-seq的数据研究一番之后,除了一些正常的结论之外还意外的发现了...
采用纳米孔直接 RNA 测序技术分析 mRNA-1273 序列时,最大的挑战在于序列读取:第一,mRNA 序列中存在的 mψ会影响测 basecalling 过程,导致读取序列准确度只有参考序列的 74.1%;第二,需要特殊的算法鉴定和测量 PolyA 尾巴长度。研究人员采用 nanopolish-polya 算法测定 Poly 尾巴,结果显示,mRNA-1273 PolyA 尾巴长度大...