所有细胞信使RNA的一个共同结构特征是poly(A) tail,它可以通过DNA模板(基于质粒或PCR)共转录引入,也可以通过转录后的酶促过程添加到mRNA中。含有poly(A)区域的质粒在大肠杆菌中重组导致poly(A)尾部广泛缩短。采用分段poly(A)方法我们可以显著减少大肠杆菌中质粒的重组而不会对mRNA半衰期和蛋白质表达产生负面影响。这...
生物素标记的dUTP标记每个簇的长度与尾巴的长度成比例,通过不同poly(A)长度样品的标准曲线估计待测定mRNA的poly(A)尾长度。只有TAIL-seq是通过直接测序获得poly(A)的长度和序列,但是该技术是从3’端测序,测序质量很差,无法直接使用Illumina仪器给出来的碱基,需要使用测序仪的原始荧光信号用特殊程序来进行数据处理,这...
2022年Brouze A等发表在Wiley Interdiscip Rev RNA期刊的一篇综述，《Measuring the tail: Methods for poly(A) tail profiling》，总结了利用二代（Illumina）或三代（PacBio）测序与RNA直接测序平台检测polyA尾，可在分析polyA长度分布的同时表征序列的完整性和准确性。一、基于内切酶与LC-MS平台的polyA尾检测 mRNA...
NGS技术已经可以从单细胞水平进行RNA测序,然而由于poly(A)尾的同源多聚特性,常规的转录组测序难以实现对poly(A)尾的测序,因此在建库测序或者数据分析阶段,通常会丢弃poly(A)尾信息。为了在转录组层面上实现对poly(A)尾巴进行测序和分析,目前已有多种基于二代测序开发的测序和分析方法,比如TAIL-seq、mTAIL-seq、PAL...
“我们相信对这些方面的研究,可以开创一个新的领域,让更多的人认识到 poly(A)尾巴这种非基因组 DNA 来源的序列,究竟编码了什么样的 mRNA 转录后调控信息。”陆发隆最后说。 参考资料: 1. Liu, Y., Zhao, H., Shao, F. et al. Remodeling of maternal mRNA through poly(A) tail orchestrates human oocyt...
期刊的一篇综述,《Measuring the tail: Methods for poly(A) tail profiling》,总结了利用二代(Illumina)或三代(PacBio)测序与RNA直接测序平台检测polyA尾,可在分析polyA长度分布的同时表征序列的完整性和准确性。 一、基于内切酶与LC-MS平台的polyA尾检测 ...
Hyeshik Chang, Jaechul Lim, Minju Ha, and V. Narry Kim. 2014. TAIL-seq: Genome-wide Determination of Poly(A) Tail Length and 3’ End Modifications. Molecular Cell 53, 1044–1052. Yusheng Liu, Hu Nie , Hongxiang Liu & Falong Lu. 2019. Poly(A) inclusive RNA isoform sequencing (PAIs...
向体外降解系统中加入额外的poly(A)用以结合PABPC,reporter RNA上的poly(A)尾会暴露,进而导致其稳定性降低【50】;相反地,如果向该系统中加入过量的PABPC则会抑制脱腺苷化【51】。 经典的mRNA降解通用模型中,poly(A)尾首先缩短至10-12nt,5’帽子随即被去掉,转录本将被XRN1沿着5’-3’方向降解或被胞浆中...
Poly(A)尾部如何赋予mRNA稳定性?一个假设是PABPC通过阻止外切酶进入来保护mRNA的3'端。与假设一致,通过转录脉冲追踪和体外重组在内的一系列实验表明,poly(A)尾缩短或去腺苷酸化需要在释放PABPC之前,mRNA衰变才可以进行。将过量的poly(A) RNA添加到体外降解系统中会隔离与PABPC的结合,从而将poly(A)尾暴露在RNA上...
向体外降解系统中加入额外的poly(A)用以结合PABPC,reporter RNA上的poly(A)尾会暴露,进而导致其稳定性降低【50】;相反地,如果向该系统中加入过量的PABPC则会抑制脱腺苷化【51】。 经典的mRNA降解通用模型中,poly(A)尾首先缩短至10-12nt,5’帽子随即...