1.得分图(Score Plot): 得分图通常用于展示样本在PLS-DA模型中的分布。每个点代表一个样本,不同的颜色或形状可以代表不同的类别。通过观察点的分布,可以了解不同类别之间是否有明显的区分。如果不同类别的点在图中清晰分离,则说明模型在这些类别上有良好的区分能力。 2.负荷图(Loading Plot): 负荷图展示了原始...
score_plot.pdf:由scoreMN绘制的得分图。 上传文件后,只需要一个提交,就可以生成以上全部八个分析结果文件和图形文件,简直酷毙了!终于实现了PLS-DA分析自由! 操作这么简单、功能这么实用的工具,赶快打开鼠小弟试用一下吧!我们的网址是:cloud.keyandaydayup.com 。鼠小弟永远免注册,免费! 觉得好用的话,欢迎引用并...
4、使用ggplot2包进行可视化 #提取坐标值data<-as.data.frame(df1_plsda@scoreMN)data$group=group$groupdata$samples=rownames(data)#提取解释度x_lab<-df1_plsda@modelDF[1,"R2X"]*100y_lab<-df1_plsda@modelDF[2,
PLS-DA score plot and validation plot for lysate samples.Priti, BahetyYee Min, TanYanjun, HongLuqi, ZhangEric, Chun Yong ChanPuiLai, Rachel Ee
PLS-DA(partial least squares discriminant analysis)采用了主成分分析法(principal component analysis, PCA)的基本原理, 将光谱向量分解为载荷向量(Loading)和得分向量(Score)。 得分向量是光谱向量在其对应载荷向量方向上的投影, 得分向量三维图反映数据降维后样本在新投影空间的坐标位置, 本文采用得分向量图直观分析两...
In term of hematopoietic function, GX was the most effective as shown by the relative distance in PLS-DA score plots and relative intensity of ... Weixia,Li,Yuping,... - 《Journal of Chromatography A》 被引量: 75发表: 2014年 加载更多研究...
最后，通过绘制图形对模型进行可视化。包含四张分面图形，展示累计解释率、模型拟合效果、离群点以及得分图。生成的文件有“plsda.pdf”和“loading.pdf”，以及得分图“score_plot.pdf”。所有分析结果和图形文件一键生成。使用流程简单，操作便捷，无需注册，完全免费。欢迎访问我们的网址：cloud.keyan...
acc = accuracy_score(y_test, Y_pred) + acc p = p + 1 accuracy_validation[:, j] = acc / p # 计算j+1个成分的平均精准度 # 首先对于每个component数训练一个模型,然后利用测试集得出准确率 print('模型训练的准确率') print(accuracy_train) ...
head(sacurine.plsda@scoreMN) #例如,样本在 PLS-DA 轴上的位置 head(sacurine.plsda@loadingMN) #例如,代谢物在 PLS-DA 轴上的位置 #默认 plot() 作图,如查看样本差异以及帮助寻找重要的代谢物 par(mfrow = c(1, 2)) plot(sacurine.plsda, typeVc = 'x-score', parAsColFcVn = sacurine$sample...
plot(sacurine.plsda, typeVc ="x-score") 去除样本名并添加相应的散点 ## 设置颜色,颜色是从ropls包源代码中提取出来的 color <- c("blue","red","green3","cyan","magenta","#FF7F00","#6A3D9A","#B15928","aquamarine4","yellow4","#A6CEE3","#B2DF8A","#FB9A99","#FDBF6F","#...